More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1459 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  61.02 
 
 		 494 aa  655    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0982  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  68.17 
 
 		 487 aa  709    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 		 504 aa  1035    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1673  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  64.69 
 
 		 493 aa  657    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.521628  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3855  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  79.76 
 
 		 507 aa  830    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  82.94 
 
 		 504 aa  878    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  69.47 
 
 		 488 aa  717    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1215  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  60.2 
 
 		 499 aa  651    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2748  nickel-dependent hydrogenase large subunit  59.79 
 
 		 488 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1525  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.31 
 
 		 488 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000894187  hitchhiker  0.00486844 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.36 
 
 		 489 aa  476  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509028  normal  0.183384 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.48 
 
 		 474 aa  471  1e-132  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0092  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.09 
 
 		 474 aa  442  1e-123  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.22 
 
 		 473 aa  442  1e-123  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.09 
 
 		 487 aa  441  9.999999999999999e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2716  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.89 
 
 		 479 aa  439  9.999999999999999e-123  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.892044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0095  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.88 
 
 		 474 aa  441  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4160  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.4 
 
 		 474 aa  433  1e-120  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.09 
 
 		 472 aa  427  1e-118  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.09 
 
 		 474 aa  423  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4043  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.4 
 
 		 473 aa  420  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0198059 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.59 
 
 		 475 aa  417  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2791  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.19 
 
 		 482 aa  413  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.119602  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2718  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  43.86 
 
 		 478 aa  396  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.04 
 
 		 476 aa  394  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.301961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2555  NAD-reducing hydrogenase HoxS beta subunit  42.74 
 
 		 476 aa  392  1e-108  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.148056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.86 
 
 		 475 aa  388  1e-106  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.76 
 
 		 471 aa  375  1e-103  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  42.2 
 
 		 471 aa  373  1e-102  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.16 
 
 		 487 aa  361  2e-98  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  37.87 
 
 		 479 aa  352  8e-96  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.06 
 
 		 418 aa  351  1e-95  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.58 
 
 		 418 aa  350  5e-95  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  42.82 
 
 		 418 aa  348  9e-95  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  37.95 
 
 		 479 aa  348  1e-94  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1651  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.47 
 
 		 485 aa  347  2e-94  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2221  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.54 
 
 		 482 aa  347  4e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.794889  normal  0.78316 
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  38.08 
 
 		 479 aa  346  6e-94  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.75 
 
 		 418 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.25 
 
 		 418 aa  342  7e-93  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.04 
 
 		 455 aa  341  2e-92  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3537  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.55 
 
 		 469 aa  331  2e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.74 
 
 		 486 aa  329  5.0000000000000004e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4314  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.68 
 
 		 494 aa  327  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4292  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.47 
 
 		 494 aa  325  2e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.36 
 
 		 509 aa  321  1.9999999999999998e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.51 
 
 		 494 aa  312  1e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0906302  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.64 
 
 		 449 aa  300  3e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.58 
 
 		 473 aa  300  5e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1791  hydrogen dehydrogenase  36.14 
 
 		 449 aa  294  3e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2419  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.03 
 
 		 473 aa  288  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.954862  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4306  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.91 
 
 		 498 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891144  normal  0.552071 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1553  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.26 
 
 		 479 aa  282  1e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.03 
 
 		 473 aa  278  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.25 
 
 		 473 aa  275  9e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  34.16 
 
 		 422 aa  187  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.16 
 
 		 432 aa  187  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.73 
 
 		 430 aa  182  1e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2660  Coenzyme F420 hydrogenase  29.76 
 
 		 433 aa  179  8e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.041142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.84 
 
 		 425 aa  178  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1929  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.03 
 
 		 425 aa  172  1e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  31 
 
 		 433 aa  170  6e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2499  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.01 
 
 		 424 aa  169  8e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2387  hypothetical protein  30.77 
 
 		 430 aa  169  1e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0245  hydrogenase/sulfur reductase, alpha subunit  28.06 
 
 		 426 aa  169  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.392685  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2590  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.8 
 
 		 433 aa  169  1e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.282401  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2532  hypothetical protein  29.11 
 
 		 430 aa  167  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2605  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.92 
 
 		 439 aa  167  4e-40  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0537031  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2169  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.63 
 
 		 424 aa  167  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1019  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.51 
 
 		 431 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00653003 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0507  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.79 
 
 		 429 aa  160  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.01 
 
 		 424 aa  158  2e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.42 
 
 		 421 aa  156  8e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.51 
 
 		 431 aa  153  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1256  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.93 
 
 		 430 aa  151  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3427  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.57 
 
 		 430 aa  149  8e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3416  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.57 
 
 		 430 aa  149  8e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.291194  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3479  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.57 
 
 		 430 aa  149  8e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.441341  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04400  Soluble nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxH  29.91 
 
 		 419 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.69 
 
 		 425 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0884  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.77 
 
 		 432 aa  143  6e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.912975  normal  0.251676 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1968  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.8 
 
 		 423 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2249  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.62 
 
 		 423 aa  138  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3474  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.53 
 
 		 432 aa  137  5e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4826  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.4 
 
 		 428 aa  136  9e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.106762  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1858  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.78 
 
 		 428 aa  131  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  26.43 
 
 		 456 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.62 
 
 		 485 aa  126  8.000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  27.41 
 
 		 455 aa  125  1e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  26.43 
 
 		 456 aa  125  3e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2174  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.72 
 
 		 455 aa  125  3e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.56 
 
 		 458 aa  123  6e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.85 
 
 		 488 aa  123  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0649  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  26.94 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.23 
 
 		 470 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0073  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.84 
 
 		 410 aa  120  6e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.67 
 
 		 481 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.27 
 
 		 488 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2332  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.85 
 
 		 469 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.29 
 
 		 514 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>