More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1437 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1437  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 
417 aa  854    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1400  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.71 
 
 
439 aa  253  4.0000000000000004e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.2671  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.83 
 
 
531 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.25 
 
 
509 aa  163  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.41 
 
 
505 aa  162  9e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.54 
 
 
513 aa  162  1e-38  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.72 
 
 
485 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  26.73 
 
 
534 aa  158  2e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  25.92 
 
 
535 aa  156  7e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.2 
 
 
531 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  23.98 
 
 
485 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.97 
 
 
532 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.91 
 
 
531 aa  146  6e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.44 
 
 
482 aa  146  8.000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.85 
 
 
545 aa  145  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.84 
 
 
472 aa  144  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.55 
 
 
470 aa  143  5e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.74 
 
 
480 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.41 
 
 
488 aa  142  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.05 
 
 
481 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.64 
 
 
531 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.64 
 
 
531 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.19 
 
 
547 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  25.15 
 
 
532 aa  140  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  24.76 
 
 
535 aa  140  6e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  23.98 
 
 
532 aa  139  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  23.98 
 
 
532 aa  139  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  24.08 
 
 
536 aa  139  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.07 
 
 
484 aa  137  4e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  24.9 
 
 
479 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.43 
 
 
485 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.79 
 
 
481 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  22.81 
 
 
496 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.65 
 
 
477 aa  126  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  23.8 
 
 
474 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.68 
 
 
481 aa  122  8e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.7 
 
 
485 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  24.27 
 
 
475 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.4 
 
 
465 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  24.27 
 
 
475 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.92 
 
 
488 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.61 
 
 
470 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  24.83 
 
 
488 aa  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  24.26 
 
 
475 aa  102  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.03 
 
 
517 aa  101  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.62 
 
 
458 aa  99.4  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.81 
 
 
562 aa  98.2  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.2 
 
 
475 aa  97.4  4e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.9 
 
 
514 aa  97.4  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.37 
 
 
540 aa  96.7  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.11 
 
 
431 aa  94  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.59 
 
 
488 aa  94.4  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  23.61 
 
 
418 aa  89.7  9e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.17 
 
 
418 aa  89.7  9e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.56 
 
 
418 aa  89.4  1e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.7 
 
 
418 aa  87.8  3e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.62 
 
 
425 aa  86.3  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.99 
 
 
455 aa  85.1  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.95 
 
 
471 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21.89 
 
 
486 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  22.63 
 
 
518 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2590  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  23.19 
 
 
409 aa  84.7  0.000000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.33 
 
 
418 aa  84.7  0.000000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.83 
 
 
421 aa  84.3  0.000000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.53 
 
 
487 aa  83.6  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.88 
 
 
432 aa  82.8  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1858  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.22 
 
 
428 aa  82  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940457  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.98 
 
 
509 aa  81.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2387  hypothetical protein  23.56 
 
 
430 aa  82  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  23.76 
 
 
433 aa  82  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  23.52 
 
 
471 aa  82  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  23.88 
 
 
422 aa  82  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2605  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21.57 
 
 
439 aa  81.6  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0537031  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.82 
 
 
487 aa  80.9  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1256  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21.59 
 
 
430 aa  80.9  0.00000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2660  Coenzyme F420 hydrogenase  22.72 
 
 
433 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.041142  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2532  hypothetical protein  23.82 
 
 
430 aa  79.3  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.13 
 
 
473 aa  79.3  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.26 
 
 
473 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0884  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.34 
 
 
432 aa  79.3  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.912975  normal  0.251676 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1019  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.49 
 
 
431 aa  79.3  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00653003 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0245  hydrogenase/sulfur reductase, alpha subunit  22.37 
 
 
426 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.392685  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.97 
 
 
430 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.66 
 
 
474 aa  77.4  0.0000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  23.01 
 
 
456 aa  77  0.0000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  21.32 
 
 
545 aa  76.6  0.0000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.43 
 
 
472 aa  76.6  0.0000000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.14 
 
 
558 aa  76.6  0.0000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  21.41 
 
 
479 aa  76.3  0.0000000000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  21.93 
 
 
474 aa  76.3  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  22.2 
 
 
479 aa  76.3  0.0000000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.06 
 
 
566 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2249  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.13 
 
 
423 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  22.32 
 
 
568 aa  75.5  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  21.4 
 
 
479 aa  75.1  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  22.5 
 
 
568 aa  74.7  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2590  nickel-dependent hydrogenase large subunit  22.25 
 
 
433 aa  74.3  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.282401  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0982  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.6 
 
 
487 aa  73.9  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21 
 
 
473 aa  73.6  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0507  nickel-dependent hydrogenase large subunit  21.95 
 
 
429 aa  73.2  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>