More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3972 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2419  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  67.74 
 
 		 473 aa  649    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.954862  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  67.39 
 
 		 473 aa  654    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1553  nickel-dependent hydrogenase large subunit  69.07 
 
 		 479 aa  704    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 		 473 aa  964    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  97.67 
 
 		 473 aa  943    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.33 
 
 		 474 aa  374  1e-102  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.13 
 
 		 472 aa  351  2e-95  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.34 
 
 		 455 aa  342  9e-93  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4160  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.25 
 
 		 474 aa  342  9e-93  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0095  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.39 
 
 		 474 aa  340  2e-92  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2791  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.13 
 
 		 482 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.119602  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0092  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.17 
 
 		 474 aa  339  5.9999999999999996e-92  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4043  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.55 
 
 		 473 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0198059 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.41 
 
 		 487 aa  330  3e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2716  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.35 
 
 		 479 aa  330  5.0000000000000004e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.892044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.79 
 
 		 476 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.301961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.13 
 
 		 473 aa  323  4e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2718  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  41.45 
 
 		 478 aa  322  7e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.43 
 
 		 475 aa  322  9.999999999999999e-87  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.33 
 
 		 474 aa  321  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  39.96 
 
 		 479 aa  319  6e-86  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2555  NAD-reducing hydrogenase HoxS beta subunit  39.74 
 
 		 476 aa  319  6e-86  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.148056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.63 
 
 		 475 aa  318  1e-85  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  39.32 
 
 		 479 aa  316  5e-85  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  39.1 
 
 		 479 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4314  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.55 
 
 		 494 aa  306  6e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.24 
 
 		 471 aa  305  9.000000000000001e-82  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4292  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.68 
 
 		 494 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1673  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.74 
 
 		 493 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.521628  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2748  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.44 
 
 		 488 aa  303  6.000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.37 
 
 		 418 aa  301  2e-80  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  39.37 
 
 		 418 aa  300  3e-80  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.13 
 
 		 418 aa  300  3e-80  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.1 
 
 		 418 aa  300  4e-80  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.17 
 
 		 509 aa  299  7e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  38.15 
 
 		 494 aa  299  9e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.16 
 
 		 486 aa  298  1e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  37.39 
 
 		 471 aa  298  1e-79  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1651  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.66 
 
 		 485 aa  297  3e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1525  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.19 
 
 		 488 aa  297  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000894187  hitchhiker  0.00486844 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.75 
 
 		 487 aa  296  6e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.16 
 
 		 489 aa  288  2e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509028  normal  0.183384 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0982  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.69 
 
 		 487 aa  286  8e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.41 
 
 		 418 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2221  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.74 
 
 		 482 aa  283  5.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.794889  normal  0.78316 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1791  hydrogen dehydrogenase  37.61 
 
 		 449 aa  282  7.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1215  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.44 
 
 		 499 aa  282  7.000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.52 
 
 		 494 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0906302  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.05 
 
 		 504 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.58 
 
 		 488 aa  281  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.03 
 
 		 504 aa  278  2e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.21 
 
 		 449 aa  276  6e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3855  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.47 
 
 		 507 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3537  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.96 
 
 		 469 aa  269  7e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4306  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.42 
 
 		 498 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891144  normal  0.552071 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2499  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.72 
 
 		 424 aa  195  1e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2169  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.63 
 
 		 424 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.15 
 
 		 424 aa  187  4e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1929  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.72 
 
 		 425 aa  186  1.0000000000000001e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3427  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.97 
 
 		 430 aa  185  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.98 
 
 		 431 aa  184  3e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3416  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.75 
 
 		 430 aa  183  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.291194  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3479  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.75 
 
 		 430 aa  183  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.441341  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2660  Coenzyme F420 hydrogenase  29.2 
 
 		 433 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.041142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0245  hydrogenase/sulfur reductase, alpha subunit  29.07 
 
 		 426 aa  181  2e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.392685  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1019  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.44 
 
 		 431 aa  179  1e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00653003 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.82 
 
 		 425 aa  177  4e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  30.35 
 
 		 430 aa  172  9e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2605  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.96 
 
 		 439 aa  172  2e-41  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0537031  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.82 
 
 		 421 aa  168  2e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2590  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.2 
 
 		 433 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.282401  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.96 
 
 		 425 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1256  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.09 
 
 		 430 aa  166  8e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2532  hypothetical protein  26.95 
 
 		 430 aa  161  2e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.82 
 
 		 432 aa  162  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  30.11 
 
 		 433 aa  162  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  28.98 
 
 		 422 aa  161  2e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2387  hypothetical protein  27.17 
 
 		 430 aa  159  7e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0073  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.13 
 
 		 410 aa  159  8e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0649  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  30.13 
 
 		 410 aa  159  1e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1858  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.56 
 
 		 428 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3474  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.06 
 
 		 432 aa  155  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04400  Soluble nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxH  29.95 
 
 		 419 aa  151  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0507  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.57 
 
 		 429 aa  149  7e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0884  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.47 
 
 		 432 aa  149  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.912975  normal  0.251676 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4826  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.4 
 
 		 428 aa  145  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.106762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1968  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.53 
 
 		 423 aa  143  6e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2249  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.51 
 
 		 423 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0084  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  27.54 
 
 		 455 aa  137  4e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.0042117  normal  0.0638209 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2332  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.93 
 
 		 469 aa  136  8e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1045  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.55 
 
 		 385 aa  134  5e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  26.29 
 
 		 455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2174  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.67 
 
 		 455 aa  126  1e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  25.31 
 
 		 456 aa  125  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  25.73 
 
 		 456 aa  124  4e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1291  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  27.53 
 
 		 390 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.333817  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0627  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28 
 
 		 390 aa  121  3e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.931032 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0196  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.76 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.47 
 
 		 488 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0692  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.84 
 
 		 390 aa  114  3e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>