More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_0084 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009712  Mboo_0479  coenzyme F420 hydrogenase  74.6 
 
 		 437 aa  701    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.654505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2174  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  77.14 
 
 		 455 aa  763    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  72.09 
 
 		 456 aa  710    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  71.65 
 
 		 456 aa  701    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0084  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  100 
 
 		 455 aa  949    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.0042117  normal  0.0638209 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2332  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  72.97 
 
 		 469 aa  721    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  75.82 
 
 		 455 aa  744    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2023  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  58.68 
 
 		 438 aa  556  1e-157  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.113638 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0649  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  41.36 
 
 		 410 aa  345  1e-93  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0073  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.69 
 
 		 410 aa  341  1e-92  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1045  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.94 
 
 		 385 aa  251  2e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0627  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.7 
 
 		 390 aa  249  7e-65  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.931032 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0196  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.24 
 
 		 390 aa  248  2e-64  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1291  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  35.54 
 
 		 390 aa  247  4e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.333817  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0692  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.09 
 
 		 390 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.16 
 
 		 455 aa  145  2e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.72 
 
 		 475 aa  145  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.3 
 
 		 471 aa  144  4e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1553  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.77 
 
 		 479 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.54 
 
 		 473 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.94 
 
 		 476 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.301961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  26.3 
 
 		 471 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  28.19 
 
 		 418 aa  133  6.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.19 
 
 		 418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2718  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  29.74 
 
 		 478 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.03 
 
 		 473 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.96 
 
 		 418 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.89 
 
 		 418 aa  127  5e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.92 
 
 		 474 aa  125  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.73 
 
 		 472 aa  124  5e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.67 
 
 		 487 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.74 
 
 		 473 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0095  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.08 
 
 		 474 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.65 
 
 		 486 aa  120  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.27 
 
 		 473 aa  121  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0092  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.87 
 
 		 474 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1673  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.99 
 
 		 493 aa  120  6e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.521628  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2419  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.8 
 
 		 473 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.954862  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4160  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.27 
 
 		 474 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.64 
 
 		 474 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  25.58 
 
 		 479 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2716  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.24 
 
 		 479 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.892044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1651  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.9 
 
 		 485 aa  114  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3537  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.12 
 
 		 469 aa  113  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.71 
 
 		 449 aa  113  6e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.67 
 
 		 567 aa  112  9e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.67 
 
 		 567 aa  112  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.4 
 
 		 567 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  24.69 
 
 		 479 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.67 
 
 		 567 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.16 
 
 		 567 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.39 
 
 		 570 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.33 
 
 		 570 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2221  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25 
 
 		 482 aa  111  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.794889  normal  0.78316 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.49 
 
 		 481 aa  111  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  25.32 
 
 		 479 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.9 
 
 		 509 aa  110  5e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  24.25 
 
 		 567 aa  110  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.93 
 
 		 431 aa  109  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2555  NAD-reducing hydrogenase HoxS beta subunit  25 
 
 		 476 aa  108  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.148056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.64 
 
 		 425 aa  109  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.65 
 
 		 504 aa  109  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.82 
 
 		 475 aa  109  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.44 
 
 		 487 aa  109  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1888  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.78 
 
 		 567 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.261784  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.94 
 
 		 430 aa  107  5e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.75 
 
 		 567 aa  107  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.09 
 
 		 418 aa  107  6e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1914  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.96 
 
 		 567 aa  106  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.392356  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1921  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.96 
 
 		 567 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.84 
 
 		 470 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2748  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.55 
 
 		 488 aa  106  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2405  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.96 
 
 		 567 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.286384  hitchhiker  0.000502851 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4043  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.1 
 
 		 473 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0198059 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.18 
 
 		 421 aa  105  2e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.65 
 
 		 517 aa  104  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2791  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36 
 
 		 482 aa  104  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.119602  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.59 
 
 		 546 aa  103  4e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.1 
 
 		 567 aa  103  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  26.96 
 
 		 494 aa  103  8e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3855  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.05 
 
 		 507 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1215  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.4 
 
 		 499 aa  102  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.05 
 
 		 489 aa  102  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509028  normal  0.183384 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  24.58 
 
 		 475 aa  100  5e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.46 
 
 		 458 aa  100  6e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.89 
 
 		 425 aa  99  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.68 
 
 		 577 aa  99.8  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1525  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  24.6 
 
 		 488 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000894187  hitchhiker  0.00486844 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  23.59 
 
 		 567 aa  99  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4292  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.4 
 
 		 494 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.75 
 
 		 465 aa  98.2  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4314  nickel-dependent hydrogenase large subunit  24.09 
 
 		 494 aa  97.4  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.12 
 
 		 567 aa  97.4  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  23.6 
 
 		 566 aa  96.3  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  23.3 
 
 		 597 aa  95.9  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  22.49 
 
 		 485 aa  95.9  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.26 
 
 		 504 aa  95.9  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  23.76 
 
 		 488 aa  96.3  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3479  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.76 
 
 		 430 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.441341  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3427  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.76 
 
 		 430 aa  95.9  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>