More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2716 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_2716  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 		 479 aa  988    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.892044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0095  nickel-dependent hydrogenase large subunit  63.05 
 
 		 474 aa  620  1e-176  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0092  nickel-dependent hydrogenase large subunit  63.05 
 
 		 474 aa  620  1e-176  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2791  nickel-dependent hydrogenase large subunit  62.24 
 
 		 482 aa  610  1e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.119602  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4160  nickel-dependent hydrogenase large subunit  62.76 
 
 		 474 aa  610  1e-173  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4043  nickel-dependent hydrogenase large subunit  60.8 
 
 		 473 aa  592  1e-168  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0198059 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  61.11 
 
 		 487 aa  591  1e-168  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.89 
 
 		 476 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.301961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  61.47 
 
 		 474 aa  574  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2718  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  56.28 
 
 		 478 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2555  NAD-reducing hydrogenase HoxS beta subunit  58.96 
 
 		 476 aa  558  1e-158  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.148056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  61.31 
 
 		 475 aa  558  1e-158  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  56.96 
 
 		 473 aa  549  1e-155  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.9 
 
 		 474 aa  481  1e-134  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.48 
 
 		 472 aa  459  9.999999999999999e-129  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.91 
 
 		 488 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.89 
 
 		 504 aa  439  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1673  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.54 
 
 		 493 aa  436  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.521628  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  46.51 
 
 		 494 aa  434  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2748  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.33 
 
 		 488 aa  432  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3855  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.84 
 
 		 507 aa  427  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.23 
 
 		 504 aa  418  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0982  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.26 
 
 		 487 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1525  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.33 
 
 		 488 aa  415  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000894187  hitchhiker  0.00486844 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1215  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.95 
 
 		 499 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  42.38 
 
 		 479 aa  389  1e-107  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.68 
 
 		 489 aa  389  1e-107  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509028  normal  0.183384 
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  42.59 
 
 		 479 aa  385  1e-106  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  41.96 
 
 		 479 aa  385  1e-105  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2221  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.67 
 
 		 482 aa  381  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.794889  normal  0.78316 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.06 
 
 		 455 aa  374  1e-102  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1651  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.19 
 
 		 485 aa  365  1e-100  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.08 
 
 		 487 aa  353  5e-96  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.97 
 
 		 509 aa  348  9e-95  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.87 
 
 		 486 aa  344  2e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3537  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.41 
 
 		 469 aa  338  9.999999999999999e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.64 
 
 		 473 aa  334  2e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.35 
 
 		 473 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.78 
 
 		 475 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2419  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.47 
 
 		 473 aa  327  3e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.954862  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.29 
 
 		 471 aa  324  2e-87  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  39.96 
 
 		 471 aa  323  4e-87  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.14 
 
 		 473 aa  322  8e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.9 
 
 		 418 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4314  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.13 
 
 		 494 aa  320  3.9999999999999996e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.77 
 
 		 418 aa  319  6e-86  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4292  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.13 
 
 		 494 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1553  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38 
 
 		 479 aa  318  1e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  40.53 
 
 		 418 aa  317  3e-85  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  40.77 
 
 		 418 aa  317  4e-85  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1791  hydrogen dehydrogenase  39.43 
 
 		 449 aa  311  1e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.09 
 
 		 418 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.33 
 
 		 449 aa  308  2.0000000000000002e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.53 
 
 		 494 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0906302  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4306  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.86 
 
 		 498 aa  276  7e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891144  normal  0.552071 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2169  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.57 
 
 		 424 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.02 
 
 		 425 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2660  Coenzyme F420 hydrogenase  29.41 
 
 		 433 aa  173  5e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.041142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.32 
 
 		 432 aa  170  5e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  30.72 
 
 		 422 aa  169  7e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.72 
 
 		 424 aa  168  2e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  29.44 
 
 		 433 aa  167  4e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.92 
 
 		 431 aa  167  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.08 
 
 		 430 aa  167  4e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1929  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.13 
 
 		 425 aa  167  5e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2605  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29 
 
 		 439 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0537031  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1019  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.95 
 
 		 431 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00653003 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.27 
 
 		 421 aa  156  8e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3427  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.42 
 
 		 430 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3416  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.42 
 
 		 430 aa  154  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.291194  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3479  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.42 
 
 		 430 aa  154  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.441341  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0245  hydrogenase/sulfur reductase, alpha subunit  27.91 
 
 		 426 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.392685  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0507  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.98 
 
 		 429 aa  153  5.9999999999999996e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2387  hypothetical protein  27.35 
 
 		 430 aa  150  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2499  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.88 
 
 		 424 aa  150  5e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2590  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.41 
 
 		 433 aa  150  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.282401  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2532  hypothetical protein  26.82 
 
 		 430 aa  149  7e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0884  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.54 
 
 		 432 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.912975  normal  0.251676 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1858  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.12 
 
 		 428 aa  145  1e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.12 
 
 		 425 aa  143  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1256  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.91 
 
 		 430 aa  143  8e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3474  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.49 
 
 		 432 aa  139  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04400  Soluble nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxH  26.91 
 
 		 419 aa  139  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2332  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.5 
 
 		 469 aa  138  2e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.03 
 
 		 458 aa  136  7.000000000000001e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  28.63 
 
 		 456 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.6 
 
 		 481 aa  134  3e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0649  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  27.86 
 
 		 410 aa  131  3e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  26.19 
 
 		 456 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  25.1 
 
 		 526 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.15 
 
 		 514 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4826  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.58 
 
 		 428 aa  129  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.106762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.38 
 
 		 526 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  25.62 
 
 		 526 aa  127  3e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.22 
 
 		 485 aa  126  9e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  26.64 
 
 		 455 aa  125  2e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.38 
 
 		 488 aa  123  7e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1968  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.24 
 
 		 423 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0073  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.54 
 
 		 410 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2249  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.18 
 
 		 423 aa  118  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>