More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1974 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  59.55 
 
 		 597 aa  753    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  59.55 
 
 		 597 aa  753    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  71.92 
 
 		 602 aa  926    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  64.82 
 
 		 598 aa  812    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  67.47 
 
 		 597 aa  858    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  57.93 
 
 		 597 aa  743    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  68.71 
 
 		 598 aa  877    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  59.55 
 
 		 597 aa  753    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  57.93 
 
 		 597 aa  743    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.45 
 
 		 572 aa  664    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  67.92 
 
 		 596 aa  870    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  54.55 
 
 		 572 aa  659    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  63.49 
 
 		 600 aa  808    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  63.65 
 
 		 600 aa  809    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  71.94 
 
 		 604 aa  941    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  62.42 
 
 		 596 aa  792    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  57.93 
 
 		 597 aa  742    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  59.39 
 
 		 597 aa  749    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  64.93 
 
 		 597 aa  827    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  73.87 
 
 		 605 aa  968    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  59.55 
 
 		 597 aa  753    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  63.65 
 
 		 600 aa  809    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  63.65 
 
 		 600 aa  809    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  66.94 
 
 		 597 aa  847    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2826  nickel-iron hydrogenase, large subunit  90.94 
 
 		 618 aa  1201    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.652434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  67.43 
 
 		 596 aa  862    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  62.94 
 
 		 596 aa  810    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  66.45 
 
 		 597 aa  838    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1297  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  84.01 
 
 		 619 aa  1113    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0139093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  57.93 
 
 		 597 aa  743    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.45 
 
 		 572 aa  657    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  63.95 
 
 		 595 aa  814    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.65 
 
 		 570 aa  647    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  67.42 
 
 		 596 aa  851    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  59.55 
 
 		 597 aa  753    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.63 
 
 		 572 aa  665    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.41 
 
 		 604 aa  697    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  68.57 
 
 		 597 aa  874    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  59.55 
 
 		 597 aa  753    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.79 
 
 		 572 aa  652    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  67.92 
 
 		 596 aa  870    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.94 
 
 		 572 aa  673    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  57.93 
 
 		 597 aa  744    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  63.65 
 
 		 600 aa  809    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1974  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 		 618 aa  1293    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.688051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  59.39 
 
 		 597 aa  751    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.99 
 
 		 578 aa  618  1e-176  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  50.96 
 
 		 596 aa  615  1e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  52.12 
 
 		 583 aa  615  1e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0053  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.28 
 
 		 633 aa  605  9.999999999999999e-173  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000725575  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.33 
 
 		 585 aa  597  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  50.33 
 
 		 585 aa  597  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  51.08 
 
 		 570 aa  596  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.59 
 
 		 570 aa  583  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.83 
 
 		 570 aa  582  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  46.8 
 
 		 625 aa  570  1e-161  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.17 
 
 		 564 aa  560  1e-158  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.51 
 
 		 566 aa  556  1e-157  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.34 
 
 		 566 aa  552  1e-156  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.01 
 
 		 569 aa  548  1e-155  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.76 
 
 		 566 aa  546  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.29 
 
 		 573 aa  547  1e-154  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2129  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.04 
 
 		 585 aa  520  1e-146  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.85862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.28 
 
 		 571 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.14 
 
 		 571 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.86 
 
 		 546 aa  500  1e-140  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.81 
 
 		 560 aa  498  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  45.25 
 
 		 559 aa  486  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.41 
 
 		 559 aa  488  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.77 
 
 		 560 aa  485  1e-135  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.93 
 
 		 559 aa  480  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  43.79 
 
 		 568 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.56 
 
 		 567 aa  471  1.0000000000000001e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  41.15 
 
 		 573 aa  465  9.999999999999999e-131  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  43.19 
 
 		 567 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.19 
 
 		 567 aa  462  1e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  43.19 
 
 		 567 aa  462  1e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  43.19 
 
 		 567 aa  462  1e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  43.19 
 
 		 567 aa  462  1e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  43.19 
 
 		 567 aa  462  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  43.19 
 
 		 567 aa  462  1e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.81 
 
 		 567 aa  463  1e-129  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.35 
 
 		 568 aa  462  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.44 
 
 		 584 aa  462  1e-129  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.79 
 
 		 566 aa  462  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  43.19 
 
 		 567 aa  462  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  43.19 
 
 		 567 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.61 
 
 		 570 aa  458  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.98 
 
 		 569 aa  457  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.55 
 
 		 567 aa  456  1e-127  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  42.34 
 
 		 567 aa  455  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  42.34 
 
 		 567 aa  455  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.93 
 
 		 577 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  42.34 
 
 		 567 aa  455  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  42.34 
 
 		 567 aa  455  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  42.34 
 
 		 567 aa  455  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0939  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  42.06 
 
 		 573 aa  452  1.0000000000000001e-126  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0992433  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  42.03 
 
 		 567 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.37 
 
 		 563 aa  449  1e-125  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  42.72 
 
 		 566 aa  452  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.11159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>