192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3043 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3043  metallophosphoesterase  100 
 
 		 380 aa  767    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0397  metallophosphoesterase  59.89 
 
 		 374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1227  Ser/Thr protein phosphatase family protein  54.4 
 
 		 371 aa  383  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1235  putative exonuclease  54.99 
 
 		 380 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0402461  normal  0.467489 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5216  metallophosphoesterase  53.39 
 
 		 370 aa  371  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.380368  normal  0.175599 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5377  metallophosphoesterase  54.7 
 
 		 380 aa  368  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31329 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1764  metallophosphoesterase  45.41 
 
 		 377 aa  306  3e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.244861  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4995  metallophosphoesterase  39.07 
 
 		 378 aa  230  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2303  metallophosphoesterase  41.62 
 
 		 373 aa  220  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0159679 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5392  metallophosphoesterase  37.06 
 
 		 374 aa  218  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.874898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0908  exonuclease SbcD  36.89 
 
 		 374 aa  195  9e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.153594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3141  metallophosphoesterase  35.15 
 
 		 375 aa  194  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496941  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1249  metallophosphoesterase  40.16 
 
 		 383 aa  179  9e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0820  metallophosphoesterase  32.47 
 
 		 445 aa  171  1e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0584655 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_13291  DNA repair exonuclease  32.79 
 
 		 404 aa  166  9e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.798596 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2573  metallophosphoesterase  39.13 
 
 		 363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.212678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0994  DNA repair exonuclease  32.23 
 
 		 396 aa  145  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.821766  normal  0.777573 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1689  metallophosphoesterase  34.83 
 
 		 361 aa  143  6e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1789  metallophosphoesterase  32.83 
 
 		 409 aa  138  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2463  metallophosphoesterase  28.01 
 
 		 385 aa  126  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1217  metallophosphoesterase  30.63 
 
 		 379 aa  119  9.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23980  DNA repair exonuclease  27.51 
 
 		 379 aa  99.4  8e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.289668  normal  0.90712 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2255  metallophosphoesterase  32.63 
 
 		 382 aa  95.5  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4436  metallophosphoesterase  27.53 
 
 		 383 aa  92.8  9e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.209331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11303  hypothetical protein  28.21 
 
 		 417 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.42965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3935  metallophosphoesterase  27.89 
 
 		 383 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4009  metallophosphoesterase  27.89 
 
 		 383 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1223  metallophosphoesterase  29.21 
 
 		 376 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000483275 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1421  nuclease SbcCD, D subunit, putative  28.03 
 
 		 376 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3950  metallophosphoesterase  31.65 
 
 		 383 aa  83.2  0.000000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.838996  normal  0.0163011 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1937  metallophosphoesterase  27.8 
 
 		 375 aa  77.8  0.0000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.151993  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  28.04 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  26.89 
 
 		 387 aa  68.9  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  26.26 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  30.2 
 
 		 386 aa  67  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3623  Ser/Thr protein phosphatase family protein  25.45 
 
 		 465 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  27.1 
 
 		 386 aa  65.1  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  28.73 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  25.65 
 
 		 382 aa  63.2  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2411  metallophosphoesterase  25.91 
 
 		 381 aa  63.2  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1000  phosphoesterase YhaO-putative DNA repair exonuclease  24.53 
 
 		 416 aa  62.8  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  26.57 
 
 		 381 aa  62.8  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03136  exonuclease SbcD  24.28 
 
 		 515 aa  61.6  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  25 
 
 		 400 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  28.17 
 
 		 390 aa  60.8  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  28.08 
 
 		 366 aa  60.8  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0931  DNA repair exonuclease  23.51 
 
 		 432 aa  60.1  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  26.37 
 
 		 381 aa  60.1  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  24.2 
 
 		 381 aa  59.7  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  25 
 
 		 400 aa  59.7  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  25.42 
 
 		 372 aa  59.7  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1109  DNA repair exonuclease family protein  23.06 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1084  DNA repair exonuclease family protein  22.69 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.2742100000000004e-56 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  25.09 
 
 		 399 aa  58.9  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  27.04 
 
 		 375 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4251  DNA repair exonuclease family protein  22.97 
 
 		 413 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000236755 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  26.34 
 
 		 381 aa  58.2  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  24.41 
 
 		 400 aa  57.8  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2891  metallophosphoesterase  25.44 
 
 		 448 aa  57.4  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0443  metallophosphoesterase  27.44 
 
 		 411 aa  57.4  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1483  metallophosphoesterase  24.52 
 
 		 375 aa  57  0.0000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0393867  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  25.3 
 
 		 381 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  25.3 
 
 		 381 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  27.34 
 
 		 381 aa  56.6  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0726  metallophosphoesterase  26.55 
 
 		 412 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1050  DNA repair exonuclease family protein  23.28 
 
 		 413 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.782479  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1178  DNA repair exonuclease family protein  22.8 
 
 		 413 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.955279  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  27.76 
 
 		 381 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  27.66 
 
 		 401 aa  55.8  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0925  metallophosphoesterase  24.22 
 
 		 413 aa  55.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0918  DNA repair exonuclease  22.8 
 
 		 432 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  24.15 
 
 		 381 aa  55.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  23.44 
 
 		 381 aa  54.7  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0943  DNA repair exonuclease family protein  22.68 
 
 		 432 aa  54.7  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1008  DNA repair exonuclease family protein  22.68 
 
 		 413 aa  54.7  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2079  nuclease SbcCD, D subunit  24.82 
 
 		 410 aa  54.3  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.655722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2416  Ser/Thr protein phosphatase family protein  22.07 
 
 		 379 aa  54.7  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.690282  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2127  serine/threonine protein phosphatase family protein  21.55 
 
 		 379 aa  54.7  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  25.74 
 
 		 383 aa  54.3  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  22.96 
 
 		 405 aa  54.7  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  38.14 
 
 		 381 aa  54.3  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1662  metallophosphoesterase  25.63 
 
 		 429 aa  53.5  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185631  normal  0.706151 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3216  exodeoxyribonuclease I subunit D  25.44 
 
 		 414 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.569023 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1419  nuclease SbcCD, D subunit  22.93 
 
 		 407 aa  53.5  0.000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.366401  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1444  DNA repair exonuclease  32.63 
 
 		 390 aa  53.1  0.000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.403487  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1148  metallophosphoesterase  27 
 
 		 416 aa  53.1  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.809261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0304  nuclease SbcCD, D subunit  35.42 
 
 		 415 aa  53.1  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.919689  normal  0.177579 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0380  nuclease SbcCD, D subunit  35.42 
 
 		 415 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.061787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0348  nuclease SbcCD, D subunit  34.38 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.413206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  27.02 
 
 		 400 aa  52.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  25.87 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4580  metallophosphoesterase  24.01 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  25.87 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  28.57 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1090  nuclease SbcCD, D subunit  24.24 
 
 		 380 aa  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  26.42 
 
 		 386 aa  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  25.87 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  25.87 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  25.87 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  27.02 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>