More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2715 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2715  thymidylate kinase  100 
 
 		 252 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.956607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2679  thymidylate kinase  85.28 
 
 		 246 aa  380  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18582  normal  0.346659 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3114  thymidylate kinase  78.18 
 
 		 230 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0311212  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2703  thymidylate kinase  68.64 
 
 		 230 aa  326  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.833829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2010  thymidylate kinase  70 
 
 		 230 aa  326  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.154294  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1464  thymidylate kinase  70.91 
 
 		 230 aa  317  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4102  thymidylate kinase  68.27 
 
 		 226 aa  282  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.808086  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1993  thymidylate kinase  52 
 
 		 236 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307533 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1805  thymidylate kinase  52 
 
 		 226 aa  221  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.28668  hitchhiker  0.0078703 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1581  thymidylate kinase  57.29 
 
 		 225 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1292  thymidylate kinase  51.69 
 
 		 234 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.199663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4325  dTMP kinase  57.69 
 
 		 217 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.187582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6923  thymidylate kinase  59.68 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2077  thymidylate kinase  56.54 
 
 		 218 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2155  thymidylate kinase  53.33 
 
 		 221 aa  211  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3110  dTMP kinase  54.11 
 
 		 209 aa  209  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.2545  normal  0.244995 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4562  dTMP kinase  53.67 
 
 		 244 aa  206  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0973906 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1536  dTMP kinase  51.83 
 
 		 237 aa  206  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4191  dTMP kinase  53.21 
 
 		 244 aa  205  6e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6278  dTMP kinase  57.22 
 
 		 226 aa  203  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0332677  normal  0.266186 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1508  dTMP kinase  56.19 
 
 		 240 aa  203  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0960  thymidylate kinase  51.94 
 
 		 214 aa  202  4e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.265378  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4707  dTMP kinase  53.92 
 
 		 236 aa  201  7e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0191437 
 
 
-
 
NC_004310  BR0992  thymidylate kinase  52.48 
 
 		 211 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2699  thymidylate kinase  53.85 
 
 		 208 aa  197  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.741794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1703  thymidylate kinase  50.94 
 
 		 214 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.225544  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0543  dTMP kinase  53.11 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1454  thymidylate kinase  52.36 
 
 		 211 aa  180  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.499935  hitchhiker  0.00267857 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0822  thymidylate kinase  46.5 
 
 		 213 aa  176  4e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0899477  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1946  dTMP kinase  47.6 
 
 		 212 aa  174  9e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30449  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1941  thymidylate kinase  46.86 
 
 		 209 aa  174  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1829  dTMP kinase  51.3 
 
 		 218 aa  171  6.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3327  dTMP kinase  42.99 
 
 		 216 aa  169  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3153  dTMP kinase  46.67 
 
 		 213 aa  169  5e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133636  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2318  thymidylate kinase  45.79 
 
 		 217 aa  167  1e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0629646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1983  thymidylate kinase  46.86 
 
 		 210 aa  166  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2229  thymidylate kinase  49.22 
 
 		 213 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.558567  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1870  thymidylate kinase  47.62 
 
 		 210 aa  166  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1691  thymidylate kinase  46.41 
 
 		 216 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.38478e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2267  dTMP kinase  42.79 
 
 		 212 aa  163  3e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.799684  normal  0.27429 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0155  thymidylate kinase  43.72 
 
 		 225 aa  160  1e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1405  thymidylate kinase  42.92 
 
 		 215 aa  160  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.201868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0484  thymidylate kinase  48.76 
 
 		 208 aa  159  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0922  dTMP kinase  48.24 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1996  thymidylate kinase  43.54 
 
 		 208 aa  156  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1416  thymidylate kinase  48.15 
 
 		 217 aa  156  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845977 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2144  dTMP kinase  48.4 
 
 		 199 aa  155  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20380  dTMP kinase  45.15 
 
 		 207 aa  155  7e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2461  thymidylate kinase  45.32 
 
 		 202 aa  154  9e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8399  thymidylate kinase  42.16 
 
 		 901 aa  154  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0970  dTMP kinase  52.06 
 
 		 210 aa  154  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2194  thymidylate kinase  41.96 
 
 		 221 aa  153  2e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0145  thymidylate kinase  42.99 
 
 		 225 aa  154  2e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289209 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1665  dTMP kinase  43.75 
 
 		 219 aa  152  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4152  thymidylate kinase  47.89 
 
 		 210 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.898638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4023  thymidylate kinase  42.21 
 
 		 705 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4404  dTMP kinase  45.21 
 
 		 703 aa  151  8.999999999999999e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0440173 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1971  thymidylate kinase  44.6 
 
 		 688 aa  150  1e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.270362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2199  thymidylate kinase  45.33 
 
 		 210 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1165  dTMP kinase  45.77 
 
 		 214 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0042  thymidylate kinase  43.48 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000722791 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25740  thymidylate kinase  45.79 
 
 		 210 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.602436 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1862  dTMP kinase  47.87 
 
 		 214 aa  149  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0221751  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1530  thymidylate kinase  48.42 
 
 		 207 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0027  dTMP kinase  46.95 
 
 		 215 aa  149  6e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.0709229 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3204  thymidylate kinase  47.42 
 
 		 225 aa  148  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00156948  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0992  dTMP kinase  39.48 
 
 		 234 aa  148  8e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.241763  normal  0.339065 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1257  thymidylate kinase  47.4 
 
 		 207 aa  148  9e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.199425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2197  thymidylate kinase  43.98 
 
 		 204 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.677728 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1500  thymidylate kinase  44.5 
 
 		 203 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.243976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3227  thymidylate kinase  39.53 
 
 		 217 aa  147  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000111751  normal  0.0445017 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1495  thymidylate kinase  47.37 
 
 		 210 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0126  dTMP kinase  42.38 
 
 		 208 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000990938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1652  thymidylate kinase  47.37 
 
 		 210 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.401857  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1962  thymidylate kinase  39.52 
 
 		 211 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0101939  normal  0.909912 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3827  thymidylate kinase  46.84 
 
 		 210 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.058171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3795  thymidylate kinase  46.84 
 
 		 210 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.398765  normal  0.441646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1634  thymidylate kinase  44.5 
 
 		 208 aa  145  5e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.60217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1633  thymidylate kinase  45.27 
 
 		 210 aa  145  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0158  thymidylate kinase  46.38 
 
 		 220 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2338  thymidylate kinase  45.54 
 
 		 212 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1059  thymidylate kinase  46.91 
 
 		 225 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.34393e-16 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0400  dTMP kinase  39.79 
 
 		 204 aa  145  9e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1606  thymidylate kinase  42.86 
 
 		 212 aa  145  9e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0524778  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0100  thymidylate kinase  40.83 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000072842 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0059  dTMP kinase  42.47 
 
 		 207 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.804352  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1828  thymidylate kinase  45.55 
 
 		 200 aa  144  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179808  normal  0.0308742 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2501  thymidylate kinase  43.98 
 
 		 205 aa  144  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0085  thymidylate kinase  41.23 
 
 		 211 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1277  thymidylate kinase  44.39 
 
 		 208 aa  143  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.431831 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1236  dTMP kinase  45.5 
 
 		 217 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.97692 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3591  thymidylate kinase  42.18 
 
 		 214 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.389295 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1092  dTMP kinase  45.18 
 
 		 224 aa  143  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.642023  normal  0.243133 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14970  thymidylate kinase  45.79 
 
 		 211 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1387  thymidylate kinase  43.98 
 
 		 205 aa  141  8e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0198768  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1460  dTMP kinase  39.15 
 
 		 223 aa  141  9.999999999999999e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1425  thymidylate kinase  43.15 
 
 		 205 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.578696  normal  0.216838 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1660  thymidylate kinase  42.7 
 
 		 206 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0638751  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3024  thymidylate kinase  36.97 
 
 		 209 aa  141  9.999999999999999e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0717  thymidylate kinase  41.85 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>