More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2559 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2911  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  93.77 
 
 
401 aa  747    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.469309  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2559  amino acid ABC transporter permease  100 
 
 
401 aa  783    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.658439  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2833  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  87.78 
 
 
401 aa  654    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.18237  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2550  amino acid ABC transporter permease  83.04 
 
 
401 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.288222  normal  0.337272 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2070  amino acid ABC transporter permease  75.56 
 
 
401 aa  625  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.380407  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1528  amino acid ABC transporter, inner membrane component  74.06 
 
 
401 aa  594  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426969  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3924  putative amino acid transport protein, permease protein  72.25 
 
 
383 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.96716  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1073  amino acid ABC transporter permease  56.59 
 
 
393 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.391566  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1256  amino acid ABC transporter, permease protein  55.77 
 
 
393 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003416  amino acid ABC transporter permease protein  57.54 
 
 
401 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000534635  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0974  amino acid ABC transporter, permease protein  53.83 
 
 
401 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00117291  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0121  amino acid ABC transporter permease  58.17 
 
 
392 aa  384  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.97 
 
 
431 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3559  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.49 
 
 
394 aa  380  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.527755 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02362  ABC transporter permease  56.87 
 
 
390 aa  374  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03127  predicted amino-acid transporter subunit  54.31 
 
 
393 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0437  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.31 
 
 
393 aa  369  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03078  hypothetical protein  54.31 
 
 
393 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4588  amino acid ABC transporter, permease protein, His/Glu/Gln/Arg/opine family  54.31 
 
 
393 aa  369  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0437  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.31 
 
 
393 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.81646  normal  0.52602 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3564  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  54.31 
 
 
393 aa  370  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.982473  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3755  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  54.31 
 
 
393 aa  369  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0635797  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2985  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.11 
 
 
400 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.570925 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0905  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.4 
 
 
392 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3463  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  54.02 
 
 
393 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.236631  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1003  amino acid ABC transporter permease  56.01 
 
 
398 aa  363  2e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4427  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.67 
 
 
392 aa  362  9e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.22021  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1298  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  54.4 
 
 
392 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2056  general L-amino acid ABC transporter permease protein  51.89 
 
 
373 aa  360  2e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.191054  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0974  amino acid ABC transporter permease  52.57 
 
 
393 aa  360  3e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.97702  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4551  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.67 
 
 
392 aa  359  6e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3708  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.86 
 
 
393 aa  358  9e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.223639 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3702  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.34 
 
 
392 aa  356  3.9999999999999996e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2819  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  48.06 
 
 
405 aa  355  6.999999999999999e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2823  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  48.06 
 
 
405 aa  355  6.999999999999999e-97  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0140632  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.85 
 
 
392 aa  353  2e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.83 
 
 
392 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5871  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.48 
 
 
400 aa  348  9e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470509  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0743  amino acid ABC transporter, permease protein  49.36 
 
 
397 aa  344  1e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3858  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.85 
 
 
392 aa  345  1e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.155428  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0737  amino acid ABC transporter, permease protein  48.14 
 
 
454 aa  344  1e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6438  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.85 
 
 
397 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.856456 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1107  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.85 
 
 
397 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.29497  normal  0.877087 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2556  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.7 
 
 
397 aa  335  7e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1704  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.02 
 
 
391 aa  334  2e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4394  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.2 
 
 
391 aa  330  3e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1759  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.79 
 
 
400 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0400548  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3586  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.3 
 
 
398 aa  323  4e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174346  normal  0.0312139 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7859  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.84 
 
 
403 aa  322  6e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2552  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  47.04 
 
 
398 aa  318  9e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548914  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4004  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.95 
 
 
396 aa  307  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0588648  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3989  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.72 
 
 
407 aa  306  3e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.03 
 
 
396 aa  306  4.0000000000000004e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1562  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.83 
 
 
400 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.360472  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.67 
 
 
391 aa  299  5e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.558305  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4180  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.18 
 
 
434 aa  294  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1455  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.44 
 
 
396 aa  289  8e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.376971  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2325  amino acid ABC transporter permease  42.49 
 
 
391 aa  275  9e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0319  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transport system permease  42.33 
 
 
411 aa  273  3e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  normal  0.832344 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0295  amino acid ABC transporter permease  42.71 
 
 
422 aa  270  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.934704  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0150  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.89 
 
 
410 aa  269  5e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.093298  hitchhiker  0.000000856043 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0337  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.37 
 
 
400 aa  265  8.999999999999999e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0191604  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2137  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.67 
 
 
343 aa  260  3e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00211698 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1999  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.23 
 
 
388 aa  259  9e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.584111  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1748  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, inner membrane subunit BztB  43.75 
 
 
420 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0394  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.75 
 
 
420 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.108285  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3398  hypothetical protein  43.53 
 
 
378 aa  252  7e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.176645  normal  0.128102 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0780  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.3 
 
 
387 aa  251  1e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0794  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.87 
 
 
417 aa  251  2e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138757  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2502  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.19 
 
 
420 aa  249  9e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.318532  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2087  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.38 
 
 
390 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.283496  normal  0.877734 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.38 
 
 
390 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0247  ABC-type permease for basic amino acids and glutamine  40.91 
 
 
377 aa  236  5.0000000000000005e-61  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.32 
 
 
390 aa  236  6e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.638316 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.92 
 
 
429 aa  229  5e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.608852  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
401 aa  228  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0751509 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2414  amino acid ABC transporter permease  40.06 
 
 
730 aa  226  7e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2945  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.83 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.223969  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
389 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3605  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.69 
 
 
349 aa  219  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0125063 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4429  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.53 
 
 
380 aa  216  5e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.424364  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1623  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.56 
 
 
779 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.528206  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0053  amino acid ABC transporter permease protein precursor  38.62 
 
 
371 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.83 
 
 
402 aa  202  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.994654  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.31 
 
 
374 aa  199  7.999999999999999e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.575705  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2099  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
402 aa  199  9e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.979172  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0739  amino acid ABC transporter permease  37.69 
 
 
308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2523  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  51.67 
 
 
308 aa  153  5.9999999999999996e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4663  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.2 
 
 
305 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0638635  normal  0.199282 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14781  ABC-type amino acid transport system, permease component  50 
 
 
297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0940688 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0848  amino acid ABC transporter permease  56.48 
 
 
300 aa  113  6e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12141  ABC transporter for amino acids, membrane component  59.26 
 
 
297 aa  113  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14261  amino acid ABC transporter permease  50 
 
 
299 aa  113  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0613  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  50 
 
 
299 aa  112  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0857916  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1808  amino acid ABC transporter permease  55.56 
 
 
296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1167  amino acid ABC transporter permease  42.75 
 
 
297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12311  ABC transporter for amino acids, membrane component  43.08 
 
 
297 aa  109  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.351586  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0554  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.38 
 
 
218 aa  106  8e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2154  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.35 
 
 
233 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.61 
 
 
237 aa  103  7e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.709473 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>