More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2099 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2099  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
402 aa  808    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.979172  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1623  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  64.27 
 
 
779 aa  522  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.528206  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.23 
 
 
402 aa  342  7e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.994654  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3398  hypothetical protein  44.56 
 
 
378 aa  281  2e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.176645  normal  0.128102 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4004  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.67 
 
 
396 aa  219  7.999999999999999e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0588648  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0247  ABC-type permease for basic amino acids and glutamine  37.14 
 
 
377 aa  216  7e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0743  amino acid ABC transporter, permease protein  36.9 
 
 
397 aa  212  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2819  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  32.44 
 
 
405 aa  211  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2823  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  32.44 
 
 
405 aa  211  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0140632  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2985  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.01 
 
 
400 aa  209  6e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.570925 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0737  amino acid ABC transporter, permease protein  36.34 
 
 
454 aa  209  7e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02362  ABC transporter permease  37.89 
 
 
390 aa  209  8e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0780  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.34 
 
 
387 aa  209  8e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1455  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.57 
 
 
396 aa  208  1e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.376971  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003416  amino acid ABC transporter permease protein  36.97 
 
 
401 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000534635  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3924  putative amino acid transport protein, permease protein  36.84 
 
 
383 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.96716  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0337  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.15 
 
 
400 aa  203  4e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0191604  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2325  amino acid ABC transporter permease  37.75 
 
 
391 aa  203  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0974  amino acid ABC transporter, permease protein  36.36 
 
 
401 aa  203  4e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00117291  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1999  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.99 
 
 
388 aa  202  6e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.584111  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2056  general L-amino acid ABC transporter permease protein  37.26 
 
 
373 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.191054  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2556  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.64 
 
 
397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3564  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  35.29 
 
 
393 aa  199  9e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.982473  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03127  predicted amino-acid transporter subunit  35.29 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0437  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.29 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3755  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  35.29 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0635797  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3463  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  35.29 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.236631  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03078  hypothetical protein  35.29 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0437  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.29 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.81646  normal  0.52602 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.83 
 
 
396 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4588  amino acid ABC transporter, permease protein, His/Glu/Gln/Arg/opine family  35.29 
 
 
393 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4394  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.26 
 
 
391 aa  196  6e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2911  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.54 
 
 
401 aa  196  9e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.469309  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1073  amino acid ABC transporter permease  34.83 
 
 
393 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.391566  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2559  amino acid ABC transporter permease  33.24 
 
 
401 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.658439  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5871  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.81 
 
 
400 aa  193  4e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470509  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3586  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.44 
 
 
398 aa  193  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174346  normal  0.0312139 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2070  amino acid ABC transporter permease  34.19 
 
 
401 aa  193  5e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.380407  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3708  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.2 
 
 
393 aa  193  6e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.223639 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1528  amino acid ABC transporter, inner membrane component  34.97 
 
 
401 aa  192  7e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426969  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7859  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.25 
 
 
403 aa  192  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3858  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.67 
 
 
392 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.155428  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3559  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.64 
 
 
394 aa  190  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.527755 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3702  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.43 
 
 
392 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1704  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.15 
 
 
391 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2137  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
343 aa  188  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00211698 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3989  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.08 
 
 
407 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
374 aa  187  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.575705  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0121  amino acid ABC transporter permease  34.17 
 
 
392 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
431 aa  186  7e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.32 
 
 
389 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1256  amino acid ABC transporter, permease protein  33.98 
 
 
393 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2414  amino acid ABC transporter permease  33.71 
 
 
730 aa  184  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.97 
 
 
390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2087  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.97 
 
 
390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.283496  normal  0.877734 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2833  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.7 
 
 
401 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.18237  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0053  amino acid ABC transporter permease protein precursor  33.8 
 
 
371 aa  182  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0974  amino acid ABC transporter permease  32.81 
 
 
393 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.97702  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2550  amino acid ABC transporter permease  33.98 
 
 
401 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.288222  normal  0.337272 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0905  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.52 
 
 
392 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1759  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.18 
 
 
400 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0400548  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1003  amino acid ABC transporter permease  32.82 
 
 
398 aa  179  8e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1107  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.28 
 
 
397 aa  179  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.29497  normal  0.877087 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6438  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.28 
 
 
397 aa  179  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.856456 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4180  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.08 
 
 
434 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.97 
 
 
390 aa  178  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.638316 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.02 
 
 
392 aa  177  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.26 
 
 
392 aa  177  4e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2552  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  29.71 
 
 
398 aa  176  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548914  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1298  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  33.8 
 
 
392 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4427  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.8 
 
 
392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.22021  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.4 
 
 
391 aa  172  7.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.558305  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4551  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.61 
 
 
392 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0295  amino acid ABC transporter permease  31.3 
 
 
422 aa  172  9e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.934704  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1562  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.08 
 
 
400 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.360472  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4429  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.96 
 
 
380 aa  171  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.424364  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2945  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.52 
 
 
332 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.223969  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3605  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.45 
 
 
349 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0125063 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.48 
 
 
401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0751509 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0150  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.59 
 
 
410 aa  149  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.093298  hitchhiker  0.000000856043 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0319  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transport system permease  33.68 
 
 
411 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  normal  0.832344 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2523  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  26.49 
 
 
308 aa  147  4.0000000000000006e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.66 
 
 
429 aa  145  9e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.608852  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1748  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, inner membrane subunit BztB  32.24 
 
 
420 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0394  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.24 
 
 
420 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.108285  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2502  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.15 
 
 
420 aa  139  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.318532  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0794  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.46 
 
 
417 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138757  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4663  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.2 
 
 
305 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0638635  normal  0.199282 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12311  ABC transporter for amino acids, membrane component  40.88 
 
 
297 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.351586  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1167  amino acid ABC transporter permease  39.71 
 
 
297 aa  117  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14781  ABC-type amino acid transport system, permease component  42.74 
 
 
297 aa  111  3e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0940688 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0739  amino acid ABC transporter permease  47.57 
 
 
308 aa  109  9.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1808  amino acid ABC transporter permease  47.22 
 
 
296 aa  105  2e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0613  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  42.37 
 
 
299 aa  102  9e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0857916  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14261  amino acid ABC transporter permease  42.37 
 
 
299 aa  102  9e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0848  amino acid ABC transporter permease  35.71 
 
 
300 aa  100  5e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  29.21 
 
 
237 aa  100  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0692  amino acid ABC transporter permease  38.69 
 
 
230 aa  99  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.678846 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.68 
 
 
513 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.52 
 
 
216 aa  98.2  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>