More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0319 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0319  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transport system permease  100 
 
 
411 aa  815    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  normal  0.832344 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0295  amino acid ABC transporter permease  55.81 
 
 
422 aa  456  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.934704  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.36 
 
 
429 aa  434  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.608852  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0794  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.22 
 
 
417 aa  415  9.999999999999999e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138757  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2502  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.96 
 
 
420 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.318532  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1748  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, inner membrane subunit BztB  53.12 
 
 
420 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0394  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.12 
 
 
420 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.108285  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02362  ABC transporter permease  48.11 
 
 
390 aa  319  6e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003416  amino acid ABC transporter permease protein  46.96 
 
 
401 aa  318  9e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000534635  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2819  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  43.69 
 
 
405 aa  314  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2823  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  43.69 
 
 
405 aa  314  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0140632  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3559  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.35 
 
 
394 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.527755 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0974  amino acid ABC transporter, permease protein  46.04 
 
 
401 aa  308  8e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00117291  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2056  general L-amino acid ABC transporter permease protein  45.55 
 
 
373 aa  308  9e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.191054  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2556  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.27 
 
 
397 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1003  amino acid ABC transporter permease  45.63 
 
 
398 aa  302  7.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0737  amino acid ABC transporter, permease protein  46.02 
 
 
454 aa  300  3e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0743  amino acid ABC transporter, permease protein  46.02 
 
 
397 aa  299  6e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4394  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.44 
 
 
391 aa  282  6.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6438  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.73 
 
 
397 aa  282  7.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.856456 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1107  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.73 
 
 
397 aa  282  7.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.29497  normal  0.877087 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1073  amino acid ABC transporter permease  41.85 
 
 
393 aa  282  9e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.391566  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.48 
 
 
431 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2911  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.98 
 
 
401 aa  278  9e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.469309  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0121  amino acid ABC transporter permease  45.01 
 
 
392 aa  278  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2552  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  42.67 
 
 
398 aa  278  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548914  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2559  amino acid ABC transporter permease  42.33 
 
 
401 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.658439  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1256  amino acid ABC transporter, permease protein  41.85 
 
 
393 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1759  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.49 
 
 
400 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0400548  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2070  amino acid ABC transporter permease  42.02 
 
 
401 aa  269  8e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.380407  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0974  amino acid ABC transporter permease  43 
 
 
393 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.97702  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2985  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.05 
 
 
400 aa  268  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.570925 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5871  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.54 
 
 
400 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470509  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3702  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.16 
 
 
392 aa  268  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1562  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.26 
 
 
400 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.360472  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4180  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.61 
 
 
434 aa  267  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2325  amino acid ABC transporter permease  40.99 
 
 
391 aa  266  4e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3564  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  43.6 
 
 
393 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.982473  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03127  predicted amino-acid transporter subunit  43.6 
 
 
393 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03078  hypothetical protein  43.6 
 
 
393 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3463  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  43.6 
 
 
393 aa  265  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.236631  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0437  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.6 
 
 
393 aa  264  2e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0437  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.6 
 
 
393 aa  264  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.81646  normal  0.52602 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4588  amino acid ABC transporter, permease protein, His/Glu/Gln/Arg/opine family  43.6 
 
 
393 aa  264  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3755  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  43.6 
 
 
393 aa  264  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0635797  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4427  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.71 
 
 
392 aa  263  3e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.22021  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3989  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.98 
 
 
407 aa  264  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1298  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  42.97 
 
 
392 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0905  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.73 
 
 
392 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1528  amino acid ABC transporter, inner membrane component  41.49 
 
 
401 aa  261  2e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426969  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7859  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.22 
 
 
403 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3708  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.56 
 
 
393 aa  258  2e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.223639 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4551  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.71 
 
 
392 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2833  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.59 
 
 
401 aa  256  6e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.18237  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4004  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.71 
 
 
396 aa  255  8e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0588648  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.04 
 
 
392 aa  254  3e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3586  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.11 
 
 
398 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174346  normal  0.0312139 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3924  putative amino acid transport protein, permease protein  39.79 
 
 
383 aa  250  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.96716  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1704  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
391 aa  249  5e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.1 
 
 
396 aa  249  9e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3858  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.88 
 
 
392 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.155428  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2550  amino acid ABC transporter permease  41.33 
 
 
401 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.288222  normal  0.337272 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1455  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.32 
 
 
396 aa  248  1e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.376971  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.45 
 
 
392 aa  248  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0337  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.53 
 
 
400 aa  241  1e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0191604  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.73 
 
 
390 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2087  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.73 
 
 
390 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.283496  normal  0.877734 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1999  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.64 
 
 
388 aa  223  3e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.584111  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.57 
 
 
391 aa  223  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.558305  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0780  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.95 
 
 
387 aa  223  6e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0150  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.05 
 
 
410 aa  222  8e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.093298  hitchhiker  0.000000856043 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
401 aa  209  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0751509 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.09 
 
 
390 aa  209  8e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.638316 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0247  ABC-type permease for basic amino acids and glutamine  36.73 
 
 
377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4429  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.67 
 
 
380 aa  194  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.424364  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
389 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3398  hypothetical protein  35.68 
 
 
378 aa  187  3e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.176645  normal  0.128102 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0053  amino acid ABC transporter permease protein precursor  32.13 
 
 
371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2414  amino acid ABC transporter permease  36.25 
 
 
730 aa  164  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2099  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
402 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.979172  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2137  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
343 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00211698 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.34 
 
 
402 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.994654  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2523  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  53.69 
 
 
308 aa  144  4e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1623  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.14 
 
 
779 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.528206  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2945  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.1 
 
 
332 aa  133  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.223969  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0739  amino acid ABC transporter permease  61.83 
 
 
308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.29 
 
 
374 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.575705  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4663  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.64 
 
 
305 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0638635  normal  0.199282 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3605  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.15 
 
 
349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0125063 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2154  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.17 
 
 
233 aa  108  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1167  amino acid ABC transporter permease  42.14 
 
 
297 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12311  ABC transporter for amino acids, membrane component  41.43 
 
 
297 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.351586  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.5 
 
 
237 aa  106  7e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.709473 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0613  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  49.54 
 
 
299 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0857916  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14261  amino acid ABC transporter permease  49.54 
 
 
299 aa  104  4e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14781  ABC-type amino acid transport system, permease component  42.96 
 
 
297 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0940688 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1430  amino acid ABC transporter permease  42 
 
 
233 aa  101  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.813328  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3153  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45 
 
 
233 aa  97.8  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0765389 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1934  ABC-type amino acid transport system, permease component  45.24 
 
 
213 aa  96.3  8e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0709  amino acid ABC transporter, permease protein  41.09 
 
 
218 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>