More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3924 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3924  putative amino acid transport protein, permease protein  100 
 
 
383 aa  742    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.96716  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2911  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  71.99 
 
 
401 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.469309  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2070  amino acid ABC transporter permease  71.47 
 
 
401 aa  556  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.380407  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2559  amino acid ABC transporter permease  72.25 
 
 
401 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.658439  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2550  amino acid ABC transporter permease  72.32 
 
 
401 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.288222  normal  0.337272 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1528  amino acid ABC transporter, inner membrane component  67.54 
 
 
401 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.426969  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2833  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  70.16 
 
 
401 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.18237  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1073  amino acid ABC transporter permease  53.41 
 
 
393 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.391566  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0121  amino acid ABC transporter permease  57.31 
 
 
392 aa  383  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1256  amino acid ABC transporter, permease protein  52.59 
 
 
393 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3559  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.22 
 
 
394 aa  374  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.527755 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003416  amino acid ABC transporter permease protein  55.87 
 
 
401 aa  374  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000534635  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0974  amino acid ABC transporter, permease protein  53.91 
 
 
401 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00117291  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4547  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.88 
 
 
431 aa  368  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.609195  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02362  ABC transporter permease  54.3 
 
 
390 aa  370  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03127  predicted amino-acid transporter subunit  53.16 
 
 
393 aa  363  2e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03078  hypothetical protein  53.16 
 
 
393 aa  363  2e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3564  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  53.16 
 
 
393 aa  362  4e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.982473  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0437  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.16 
 
 
393 aa  362  8e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3755  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  53.16 
 
 
393 aa  362  8e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0635797  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0437  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.16 
 
 
393 aa  362  8e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.81646  normal  0.52602 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4588  amino acid ABC transporter, permease protein, His/Glu/Gln/Arg/opine family  53.16 
 
 
393 aa  361  9e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3463  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  52.87 
 
 
393 aa  359  5e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.236631  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3702  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.75 
 
 
392 aa  358  9.999999999999999e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.7 
 
 
392 aa  356  5e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0905  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.28 
 
 
392 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1003  amino acid ABC transporter permease  53.55 
 
 
398 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.27 
 
 
392 aa  354  2e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2056  general L-amino acid ABC transporter permease protein  52.02 
 
 
373 aa  353  4e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.191054  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4427  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.73 
 
 
392 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.22021  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1298  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  52.17 
 
 
392 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4551  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.46 
 
 
392 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3708  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.13 
 
 
393 aa  346  4e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.223639 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2819  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  48.51 
 
 
405 aa  345  6e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2823  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  48.51 
 
 
405 aa  345  6e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0140632  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3858  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.28 
 
 
392 aa  345  7e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.155428  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0974  amino acid ABC transporter permease  50.68 
 
 
393 aa  343  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.97702  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2985  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.92 
 
 
400 aa  344  2e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.570925 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5871  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.93 
 
 
400 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.470509  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0743  amino acid ABC transporter, permease protein  48.37 
 
 
397 aa  339  4e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2556  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.83 
 
 
397 aa  337  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0737  amino acid ABC transporter, permease protein  47.7 
 
 
454 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1759  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.92 
 
 
400 aa  331  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0400548  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1704  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.59 
 
 
391 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.18385 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2552  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  46.88 
 
 
398 aa  325  7e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548914  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4394  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.45 
 
 
391 aa  318  7.999999999999999e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6438  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.32 
 
 
397 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.856456 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1107  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.32 
 
 
397 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.29497  normal  0.877087 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3586  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.85 
 
 
398 aa  316  5e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174346  normal  0.0312139 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1562  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
400 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.360472  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7859  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.06 
 
 
403 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.92 
 
 
391 aa  311  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.558305  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.9 
 
 
396 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3989  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.9 
 
 
407 aa  307  3e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4004  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.85 
 
 
396 aa  304  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0588648  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4180  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.9 
 
 
434 aa  293  5e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1455  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.13 
 
 
396 aa  278  8e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.376971  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2325  amino acid ABC transporter permease  43.29 
 
 
391 aa  275  8e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0150  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.29 
 
 
410 aa  272  8.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.093298  hitchhiker  0.000000856043 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0295  amino acid ABC transporter permease  40.77 
 
 
422 aa  270  4e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.934704  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0780  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.65 
 
 
387 aa  264  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0337  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.38 
 
 
400 aa  258  1e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0191604  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1999  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.92 
 
 
388 aa  250  3e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.584111  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0319  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transport system permease  39.79 
 
 
411 aa  248  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.251355  normal  0.832344 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3398  hypothetical protein  42.98 
 
 
378 aa  246  6.999999999999999e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.176645  normal  0.128102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0794  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.1 
 
 
417 aa  237  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138757  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1748  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, inner membrane subunit BztB  41.3 
 
 
420 aa  235  8e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0394  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.3 
 
 
420 aa  235  8e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.108285  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2502  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.09 
 
 
420 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.318532  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
389 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0247  ABC-type permease for basic amino acids and glutamine  38.35 
 
 
377 aa  230  4e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2414  amino acid ABC transporter permease  41.01 
 
 
730 aa  226  7e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.77 
 
 
429 aa  221  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.608852  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.31 
 
 
390 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2087  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.31 
 
 
390 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.283496  normal  0.877734 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2945  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.55 
 
 
332 aa  215  9e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.223969  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2137  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.95 
 
 
343 aa  213  3.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00211698 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.11 
 
 
401 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0751509 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2099  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.95 
 
 
402 aa  213  5.999999999999999e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.979172  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0053  amino acid ABC transporter permease protein precursor  37.39 
 
 
371 aa  213  5.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.98 
 
 
390 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.638316 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4429  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.94 
 
 
380 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.424364  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1623  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.59 
 
 
779 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.528206  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
374 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.575705  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.87 
 
 
402 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.994654  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2523  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  59.12 
 
 
308 aa  152  8.999999999999999e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3605  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.68 
 
 
349 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0125063 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0739  amino acid ABC transporter permease  65.38 
 
 
308 aa  137  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4663  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.33 
 
 
305 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0638635  normal  0.199282 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14781  ABC-type amino acid transport system, permease component  44.52 
 
 
297 aa  114  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0940688 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0848  amino acid ABC transporter permease  48.28 
 
 
300 aa  112  8.000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1808  amino acid ABC transporter permease  58.82 
 
 
296 aa  110  3e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0613  amino acid ABC transporter, permease protein, 3-TM region, His/Glu/Gln/Arg/opine  51.3 
 
 
299 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0857916  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14261  amino acid ABC transporter permease  51.3 
 
 
299 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12141  ABC transporter for amino acids, membrane component  58.82 
 
 
297 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1167  amino acid ABC transporter permease  44.53 
 
 
297 aa  106  7e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12311  ABC transporter for amino acids, membrane component  41.1 
 
 
297 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.351586  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2154  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.29 
 
 
233 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0554  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.76 
 
 
218 aa  100  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4661  amino acid ABC transporter, permease protein  43.94 
 
 
218 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.128052  hitchhiker  2.19299e-21 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>