90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1740 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1740  hypothetical protein  100 
 
 		 138 aa  281  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3728  hypothetical protein  79.28 
 
 		 137 aa  191  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.607549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4359  hypothetical protein  75.93 
 
 		 133 aa  182  9e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5701  hypothetical protein  73.58 
 
 		 111 aa  169  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.479655 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1747  hypothetical protein  60.83 
 
 		 128 aa  153  9e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838706  normal  0.0182475 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3698  hypothetical protein  37.5 
 
 		 127 aa  94.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0912  hypothetical protein  38.46 
 
 		 145 aa  90.9  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3740  hypothetical protein  41.27 
 
 		 147 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00447243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1333  hypothetical protein  36.89 
 
 		 123 aa  85.1  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.497148 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2791  hypothetical protein  36.07 
 
 		 129 aa  84.3  5e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.385318  normal  0.988228 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3433  hypothetical protein  35.25 
 
 		 145 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2734  hypothetical protein  35.1 
 
 		 156 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5609  hypothetical protein  38.17 
 
 		 136 aa  77.4  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.343437  normal  0.446429 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2038  hypothetical protein  33.61 
 
 		 129 aa  77  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3305  hypothetical protein  36.15 
 
 		 134 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4354  hypothetical protein  33.33 
 
 		 134 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3624  hypothetical protein  38.26 
 
 		 147 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.13672  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2639  hypothetical protein  37 
 
 		 283 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000954423 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1887  hypothetical protein  37.39 
 
 		 146 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1674  hypothetical protein  36.75 
 
 		 147 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2829  hypothetical protein  36.73 
 
 		 280 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.023481  normal  0.780645 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1710  hypothetical protein  38.79 
 
 		 134 aa  73.6  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.661743  normal  0.276056 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4129  hypothetical protein  34.95 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.409896 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4794  hypothetical protein  34.58 
 
 		 150 aa  70.5  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0246667  normal  0.215514 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1884  hypothetical protein  38.78 
 
 		 119 aa  70.1  0.000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1598  hypothetical protein  30.08 
 
 		 144 aa  70.1  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.267519  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0555  hypothetical protein  33.61 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0594263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1124  hypothetical protein  35.35 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1499  hypothetical protein  34 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0914941 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2595  hypothetical protein  32.79 
 
 		 167 aa  66.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0175  hypothetical protein  33.62 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1874  hypothetical protein  30.43 
 
 		 225 aa  63.9  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3095  hypothetical protein  30.22 
 
 		 143 aa  63.5  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4374  hypothetical protein  34.06 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1379  hypothetical protein  31.65 
 
 		 162 aa  62.4  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.951506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3056  hypothetical protein  32.71 
 
 		 143 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.560509  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2668  hypothetical protein  31.78 
 
 		 147 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2348  hypothetical protein  29.85 
 
 		 146 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.553066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3426  hypothetical protein  26.45 
 
 		 178 aa  60.8  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4974  hypothetical protein  28.67 
 
 		 203 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2391  hypothetical protein  31.01 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.69026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2264  hypothetical protein  31.34 
 
 		 213 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.144386 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4945  hypothetical protein  29.37 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2677  hypothetical protein  31.62 
 
 		 231 aa  57.8  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.137476  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5490  hypothetical protein  29.55 
 
 		 204 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4317  hypothetical protein  28.36 
 
 		 146 aa  57  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2654  hypothetical protein  35.29 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.983933  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2974  hypothetical protein  28.06 
 
 		 207 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0663  hypothetical protein  37.25 
 
 		 113 aa  55.1  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6201  Protein of unknown function DUF2147  25.85 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1973  hypothetical protein  33.06 
 
 		 179 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0974788 
 
 
-
 
NC_004310  BR0627  hypothetical protein  33.33 
 
 		 115 aa  54.7  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.787387  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1853  Protein of unknown function DUF2147  31.97 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4924  hypothetical protein  30.89 
 
 		 169 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195094  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6197  hypothetical protein  31.63 
 
 		 262 aa  54.3  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.701843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4104  hypothetical protein  33.61 
 
 		 141 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.713286  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0965  hypothetical protein  36.29 
 
 		 112 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996069  normal  0.580537 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4360  hypothetical protein  28.95 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6954  hypothetical protein  31.75 
 
 		 112 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2011  hypothetical protein  29.51 
 
 		 170 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1118  hypothetical protein  35.48 
 
 		 112 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0758369 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2287  hypothetical protein  29.51 
 
 		 170 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.56667 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0625  hypothetical protein  30.39 
 
 		 100 aa  51.6  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6942  hypothetical protein  28.67 
 
 		 202 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1034  hypothetical protein  33.04 
 
 		 168 aa  50.8  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.74359 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2244  hypothetical protein  33.03 
 
 		 126 aa  50.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0919  hypothetical protein  34.55 
 
 		 126 aa  50.4  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0539754  normal  0.0895293 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0487  hypothetical protein  30.65 
 
 		 154 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.732049 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1419  hypothetical protein  28.97 
 
 		 112 aa  50.1  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.874564  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5160  hypothetical protein  24.46 
 
 		 204 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.131388 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1885  hypothetical protein  29.82 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3048  hypothetical protein  25.35 
 
 		 143 aa  48.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.904899  normal  0.0139913 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6444  Protein of unknown function DUF2147  28.07 
 
 		 140 aa  47.4  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5099  hypothetical protein  28.57 
 
 		 111 aa  46.2  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0959389  normal  0.741523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3722  hypothetical protein  28 
 
 		 228 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.167012  normal  0.0261827 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3606  conserved hypothetical proteinn  26.23 
 
 		 228 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00367306  normal  0.482079 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3413  hypothetical protein  27.87 
 
 		 230 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188559  normal  0.623749 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6391  putative signal peptide protein  24.82 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2579  hypothetical protein  31.82 
 
 		 134 aa  45.4  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.164818  hitchhiker  0.0000131473 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3794  hypothetical protein  27.97 
 
 		 134 aa  45.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5549  hypothetical protein  28.28 
 
 		 202 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.355042 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3041  conserved hypothetical signal peptide protein  34.78 
 
 		 151 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.434971  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2798  putative signal peptide protein  34.29 
 
 		 152 aa  42.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00624822  normal  0.61981 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2631  putative signal peptide protein  34.78 
 
 		 151 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.66393  normal  0.77547 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3442  hypothetical protein  25.56 
 
 		 148 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000636062  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0129  hypothetical protein  25 
 
 		 188 aa  40.4  0.007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.374028  normal  0.0265018 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3114  hypothetical protein  26.85 
 
 		 142 aa  40.4  0.008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1645  putative signal peptide protein  26.95 
 
 		 161 aa  40  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.399726 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2874  putative signal peptide protein  31.88 
 
 		 157 aa  40.4  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000419101  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2807  putative signal peptide protein  25.49 
 
 		 161 aa  40  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937128  normal  0.0582405 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>