80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1887 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1887  hypothetical protein  100 
 
 
146 aa  298  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3624  hypothetical protein  89.43 
 
 
147 aa  226  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.13672  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1674  hypothetical protein  88.14 
 
 
147 aa  223  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3740  hypothetical protein  65.73 
 
 
147 aa  183  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00447243  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0912  hypothetical protein  61.22 
 
 
145 aa  181  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3433  hypothetical protein  58.5 
 
 
145 aa  172  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1333  hypothetical protein  62.71 
 
 
123 aa  164  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.497148 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2734  hypothetical protein  53.62 
 
 
156 aa  152  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0802358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4974  hypothetical protein  43.36 
 
 
203 aa  120  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4924  hypothetical protein  43.17 
 
 
169 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195094  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4360  hypothetical protein  43.07 
 
 
165 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4945  hypothetical protein  41.01 
 
 
199 aa  114  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6942  hypothetical protein  41.3 
 
 
202 aa  110  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2287  hypothetical protein  47.01 
 
 
170 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.56667 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2011  hypothetical protein  47.01 
 
 
170 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272674  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3426  hypothetical protein  40.94 
 
 
178 aa  108  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1973  hypothetical protein  48.31 
 
 
179 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0974788 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5490  hypothetical protein  42.86 
 
 
204 aa  107  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30695  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5160  hypothetical protein  40.56 
 
 
204 aa  106  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.131388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0487  hypothetical protein  45.38 
 
 
154 aa  104  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492113  normal  0.732049 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2264  hypothetical protein  38.03 
 
 
213 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.144386 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2677  hypothetical protein  41.13 
 
 
231 aa  100  5e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.137476  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3606  conserved hypothetical proteinn  43.22 
 
 
228 aa  100  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00367306  normal  0.482079 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3722  hypothetical protein  40.46 
 
 
228 aa  100  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.167012  normal  0.0261827 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3413  hypothetical protein  41.53 
 
 
230 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.188559  normal  0.623749 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1710  hypothetical protein  37.32 
 
 
134 aa  96.3  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.661743  normal  0.276056 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0175  hypothetical protein  37.23 
 
 
135 aa  95.5  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2974  hypothetical protein  37.93 
 
 
207 aa  93.6  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155724  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5609  hypothetical protein  42.66 
 
 
136 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.343437  normal  0.446429 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2668  hypothetical protein  40 
 
 
147 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4354  hypothetical protein  38.52 
 
 
134 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2391  hypothetical protein  39.31 
 
 
147 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.69026  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2348  hypothetical protein  39.29 
 
 
146 aa  87  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.553066  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1853  Protein of unknown function DUF2147  37.6 
 
 
149 aa  87  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1034  hypothetical protein  37.32 
 
 
168 aa  85.5  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.74359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3305  hypothetical protein  36.69 
 
 
134 aa  84.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2595  hypothetical protein  36.67 
 
 
167 aa  85.1  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.13732  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3114  hypothetical protein  36.03 
 
 
142 aa  84.7  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1747  hypothetical protein  35.77 
 
 
128 aa  81.6  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838706  normal  0.0182475 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2639  hypothetical protein  33.09 
 
 
283 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000954423 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4129  hypothetical protein  38.33 
 
 
300 aa  78.2  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.409896 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6201  Protein of unknown function DUF2147  31.47 
 
 
151 aa  78.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3048  hypothetical protein  34.51 
 
 
143 aa  77.8  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.904899  normal  0.0139913 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1740  hypothetical protein  35.25 
 
 
138 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4359  hypothetical protein  33.8 
 
 
133 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2829  hypothetical protein  35.9 
 
 
280 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.023481  normal  0.780645 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1874  hypothetical protein  31.62 
 
 
225 aa  76.6  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4374  hypothetical protein  37.76 
 
 
139 aa  75.1  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1499  hypothetical protein  34.29 
 
 
272 aa  75.1  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0914941 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1598  hypothetical protein  30.07 
 
 
144 aa  74.7  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.267519  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3442  hypothetical protein  31.34 
 
 
148 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000636062  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3728  hypothetical protein  35.65 
 
 
137 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.607549  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3794  hypothetical protein  38.66 
 
 
134 aa  72.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.134727 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3095  hypothetical protein  34.97 
 
 
143 aa  72.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.304289  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5701  hypothetical protein  33.04 
 
 
111 aa  70.1  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.479655 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1884  hypothetical protein  34.17 
 
 
119 aa  64.7  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6391  putative signal peptide protein  33.57 
 
 
145 aa  63.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1379  hypothetical protein  34.51 
 
 
162 aa  63.5  0.0000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.951506  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6444  Protein of unknown function DUF2147  35.34 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0555  hypothetical protein  30.15 
 
 
136 aa  60.1  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0594263  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3722  Protein of unknown function DUF2147  29.84 
 
 
143 aa  58.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.861772  normal  0.147522 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6197  hypothetical protein  31.03 
 
 
262 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.701843  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4794  hypothetical protein  29.06 
 
 
150 aa  57.4  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0246667  normal  0.215514 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4317  hypothetical protein  27.66 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1124  hypothetical protein  33.33 
 
 
137 aa  55.5  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2038  hypothetical protein  29.37 
 
 
129 aa  53.1  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0129  hypothetical protein  33.61 
 
 
188 aa  52.4  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.374028  normal  0.0265018 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4322  putative signal peptide protein  26.06 
 
 
144 aa  48.5  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.338595  normal  0.0273369 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2791  hypothetical protein  28.33 
 
 
129 aa  47.8  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.385318  normal  0.988228 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4104  hypothetical protein  32.73 
 
 
141 aa  47  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.713286  normal  0.899389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29440  hypothetical protein  30.22 
 
 
149 aa  46.6  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.809204  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2925  hypothetical protein  36.51 
 
 
147 aa  45.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.771304  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2244  hypothetical protein  28 
 
 
126 aa  45.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0919  hypothetical protein  28 
 
 
126 aa  45.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0539754  normal  0.0895293 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3698  hypothetical protein  26.06 
 
 
127 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3056  hypothetical protein  24.58 
 
 
143 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.560509  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0576  Protein of unknown function DUF2147  28.7 
 
 
166 aa  43.9  0.0008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2874  putative signal peptide protein  35.37 
 
 
157 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000419101  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0038  putative signal peptide protein  24.67 
 
 
154 aa  41.6  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.274459  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1885  hypothetical protein  29.77 
 
 
128 aa  40.8  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>