More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1904 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1904  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  436  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0420846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4951  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.51 
 
 		 210 aa  198  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.710213  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4923  two component LuxR family transcriptional regulator  48.02 
 
 		 210 aa  197  9e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4917  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.8 
 
 		 221 aa  193  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4453  response regulator receiver  47.8 
 
 		 229 aa  193  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.731843 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0485  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.93 
 
 		 208 aa  193  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4967  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.8 
 
 		 220 aa  192  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.103677  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3393  two component LuxR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 224 aa  188  5e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7525  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.23 
 
 		 210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.588744  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4137  response regulator receiver  43.14 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4505  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.14 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.782253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4619  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 226 aa  180  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.167951  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8027  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.56 
 
 		 211 aa  176  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.982767  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6781  two component LuxR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 212 aa  171  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1784  two component LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 224 aa  162  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000422915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4197  two component LuxR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.182672  normal  0.341651 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2990  two component LuxR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 223 aa  143  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656569  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2236  two-component LuxR family response regulator  36.59 
 
 		 211 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.520528  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3144  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.02 
 
 		 232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 213 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5941  two component LuxR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 206 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.234506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 212 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2672  LuxR family DNA-binding response regulator  38.46 
 
 		 212 aa  128  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3131  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 212 aa  128  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33361 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5446  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.27 
 
 		 218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26634  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0777  LuxR family DNA binding response regulator  37.75 
 
 		 215 aa  126  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.891731  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0816  two component LuxR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 212 aa  123  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000419268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 229 aa  122  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.103244 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7040  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.14 
 
 		 217 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2722  two component LuxR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 214 aa  119  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6075  two-component response regulator  35.61 
 
 		 216 aa  118  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 217 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3594  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.51 
 
 		 219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.35213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2158  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0301144 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5893  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 219 aa  115  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.75 
 
 		 210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1951  two component LuxR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.142543  normal  0.70584 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3468  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.02 
 
 		 219 aa  112  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3270  response regulator receiver  39.02 
 
 		 220 aa  112  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.336161 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2640  two component LuxR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 205 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.437778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7263  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.95 
 
 		 219 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  111  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1290  two component LuxR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 209 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.542915  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2033  LuxR family DNA-binding response regulator  36.67 
 
 		 208 aa  110  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 213 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2271  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.92 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 216 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.267154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3829  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 211 aa  108  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.026767 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5451  two component LuxR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 223 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.761649  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0357  two-component response regulator  34.48 
 
 		 210 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00848176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0043  two component LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 234 aa  107  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14113 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 210 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1551  two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  33.18 
 
 		 215 aa  106  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8023  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 		 217 aa  105  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.634105  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0679  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 213 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1785  two component LuxR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 206 aa  104  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.762084  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 215 aa  104  9e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2471  two component LuxR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  31.73 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0029  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 214 aa  102  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.317943  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2295  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.65 
 
 		 222 aa  102  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.031577  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  34.31 
 
 		 217 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  32.21 
 
 		 214 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  32.21 
 
 		 214 aa  102  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3314  putative two-component response regulator  36.27 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  32.21 
 
 		 214 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  32.21 
 
 		 214 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  32.21 
 
 		 214 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 216 aa  102  6e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2172  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.13 
 
 		 210 aa  101  7e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  32.21 
 
 		 214 aa  101  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  32.21 
 
 		 214 aa  101  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3597  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 214 aa  101  9e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3042  two component LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 222 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.280021 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  31.73 
 
 		 214 aa  100  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1336  two component LuxR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 208 aa  100  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 214 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1021  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 		 216 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.794365 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  32.21 
 
 		 214 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38900  putative two-component response regulator  36.76 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.899747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  31.73 
 
 		 226 aa  100  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1572  two component LuxR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.972408 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1762  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0709  two component LuxR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0876  two component LuxR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0653  two component LuxR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.8237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 214 aa  99.4  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1167  two component LuxR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 213 aa  99.8  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0467  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.81 
 
 		 216 aa  99.8  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000507383 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5187  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 214 aa  99.4  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5672  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 214 aa  99.4  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685344 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 206 aa  99.4  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0320  two component LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15389  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>