More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0242 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  418  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  68.25 
 
 		 209 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  67.46 
 
 		 215 aa  269  2.9999999999999997e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 213 aa  238  4e-62  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 215 aa  204  7e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2855  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.42 
 
 		 217 aa  203  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  49.05 
 
 		 213 aa  190  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  45.02 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  45.02 
 
 		 219 aa  183  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0777  LuxR family DNA binding response regulator  45.02 
 
 		 215 aa  180  2e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.891731  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 214 aa  177  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  41.98 
 
 		 214 aa  176  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 214 aa  176  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1167  two component LuxR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 213 aa  172  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  42.25 
 
 		 214 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  42.25 
 
 		 214 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  40.57 
 
 		 214 aa  171  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  41.51 
 
 		 214 aa  171  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  41.78 
 
 		 214 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 214 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  41.78 
 
 		 214 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  41.78 
 
 		 214 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  41.78 
 
 		 214 aa  170  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  41.04 
 
 		 229 aa  170  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  41.31 
 
 		 226 aa  169  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.98 
 
 		 215 aa  169  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.72 
 
 		 218 aa  168  5e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  42.72 
 
 		 218 aa  168  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  42.72 
 
 		 218 aa  168  5e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  42.72 
 
 		 218 aa  168  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  42.18 
 
 		 214 aa  168  6e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  41.78 
 
 		 214 aa  167  8e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 214 aa  167  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  42.25 
 
 		 218 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  42.25 
 
 		 218 aa  166  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  40.57 
 
 		 227 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  39.62 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  42.25 
 
 		 218 aa  166  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  45.45 
 
 		 215 aa  166  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  41.59 
 
 		 216 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  42.33 
 
 		 218 aa  165  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  42.33 
 
 		 218 aa  165  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  42.33 
 
 		 218 aa  165  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  42.33 
 
 		 218 aa  165  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  42.33 
 
 		 218 aa  165  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2471  two component LuxR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 220 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  40.57 
 
 		 214 aa  164  6.9999999999999995e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  42.86 
 
 		 218 aa  163  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  42.99 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  41.78 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  42.92 
 
 		 210 aa  162  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  42.06 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.4 
 
 		 210 aa  162  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 209 aa  162  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  42.06 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  42.06 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 210 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4099  DNA-binding response regulator GacA  42.18 
 
 		 212 aa  161  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  0.0594882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1765  two component LuxR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 212 aa  161  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456405  hitchhiker  0.00257365 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.92 
 
 		 210 aa  161  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  41.43 
 
 		 216 aa  160  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  38.14 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 216 aa  159  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  39.15 
 
 		 214 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 210 aa  159  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  40.85 
 
 		 214 aa  159  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  40.85 
 
 		 214 aa  159  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1191  two component LuxR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 219 aa  159  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.259161  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 210 aa  159  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 211 aa  159  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  42.01 
 
 		 220 aa  159  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2132  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 214 aa  158  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0449794  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 212 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.45 
 
 		 210 aa  158  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25030  Response regulator GacA  41.35 
 
 		 209 aa  158  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 239 aa  158  7e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0816  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 212 aa  158  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000419268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3131  two component LuxR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 212 aa  157  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33361 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0357  two-component response regulator  46.15 
 
 		 210 aa  157  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00848176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1951  two component LuxR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 216 aa  157  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.142543  normal  0.70584 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  41.47 
 
 		 218 aa  157  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2672  LuxR family DNA-binding response regulator  41.63 
 
 		 212 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24109  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0560  DNA-binding response regulator, LuxR family  43.33 
 
 		 209 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  38.68 
 
 		 214 aa  156  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4618  LuxR response regulator receiver  43.33 
 
 		 209 aa  155  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.601025 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 214 aa  155  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  41.47 
 
 		 218 aa  155  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2640  two component LuxR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 205 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.437778  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3024  DNA-binding response regulator GacA  40.38 
 
 		 214 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26082  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2089  two component LuxR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 220 aa  155  6e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.954326  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2177  response regulator receiver protein  41.06 
 
 		 220 aa  155  6e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.430622  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0320  two component LuxR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 221 aa  154  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2897  LuxR response regulator receiver  39.91 
 
 		 222 aa  154  8e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.017691  normal  0.317002 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4382  two component LuxR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 209 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 210 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4108  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.57 
 
 		 210 aa  153  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.755468  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 210 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38900  putative two-component response regulator  43.54 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.899747  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>