More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0485 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0485  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 208 aa  411  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4619  two component transcriptional regulator, LuxR family  55 
 
 		 226 aa  228  7e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.167951  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4505  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.5 
 
 		 225 aa  224  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.782253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4137  response regulator receiver  54.5 
 
 		 225 aa  224  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4917  two component transcriptional regulator, LuxR family  56 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4453  response regulator receiver  56 
 
 		 229 aa  223  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.731843 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4967  two component transcriptional regulator, LuxR family  56 
 
 		 220 aa  222  3e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.103677  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3393  two component LuxR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 224 aa  221  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4951  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.72 
 
 		 210 aa  221  7e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.710213  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4923  two component LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 210 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8027  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.49 
 
 		 211 aa  208  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.982767  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7525  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 210 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.588744  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1904  two component LuxR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 218 aa  193  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0420846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4197  two component LuxR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 230 aa  193  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.182672  normal  0.341651 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6781  two component LuxR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 212 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2236  two-component LuxR family response regulator  46.57 
 
 		 211 aa  178  4e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.520528  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2990  two component LuxR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 223 aa  150  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656569  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1784  two component LuxR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 224 aa  144  7.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000422915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3144  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.61 
 
 		 232 aa  144  9e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5941  two component LuxR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 206 aa  138  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.234506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 213 aa  136  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5446  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.3 
 
 		 218 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26634  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0777  LuxR family DNA binding response regulator  37.8 
 
 		 215 aa  134  9e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.891731  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2471  two component LuxR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 220 aa  132  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0816  two component LuxR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 212 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000419268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7040  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.55 
 
 		 217 aa  129  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 229 aa  129  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.103244 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3131  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 212 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33361 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 212 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2672  LuxR family DNA-binding response regulator  35.29 
 
 		 212 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 213 aa  124  9e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8023  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.86 
 
 		 217 aa  122  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.634105  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0357  two-component response regulator  38.12 
 
 		 210 aa  122  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00848176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0653  two component LuxR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 217 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.8237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2722  two component LuxR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3829  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 211 aa  119  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.026767 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6075  two-component response regulator  35.47 
 
 		 216 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2271  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.92 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 215 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3594  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.51 
 
 		 219 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.35213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5893  two component LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 219 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38900  putative two-component response regulator  39.89 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.899747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3270  response regulator receiver  39.02 
 
 		 220 aa  112  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.336161 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7263  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1951  two component LuxR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.142543  normal  0.70584 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 211 aa  110  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3828  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.1 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  32.52 
 
 		 229 aa  109  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2640  two component LuxR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 205 aa  109  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.437778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3314  putative two-component response regulator  36.1 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  31.9 
 
 		 214 aa  108  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  30.77 
 
 		 214 aa  108  6e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  31.73 
 
 		 214 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  31.73 
 
 		 214 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  31.73 
 
 		 214 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  31.73 
 
 		 214 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  33.17 
 
 		 214 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3303  two component LuxR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 215 aa  107  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 214 aa  107  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  35.58 
 
 		 214 aa  107  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1021  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.74 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.794365 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  31.73 
 
 		 214 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  31.73 
 
 		 214 aa  106  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3468  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.02 
 
 		 219 aa  106  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  31.73 
 
 		 214 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  34.12 
 
 		 219 aa  106  3e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.01 
 
 		 210 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  31.25 
 
 		 214 aa  106  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  31.07 
 
 		 226 aa  105  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0320  two component LuxR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 221 aa  105  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1700  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 213 aa  105  5e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1785  two component LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 206 aa  104  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.762084  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1406  DNA-binding response regulator  31.9 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.253896  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  31.73 
 
 		 214 aa  103  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  33.65 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 219 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.118638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  31.25 
 
 		 214 aa  103  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  30.77 
 
 		 214 aa  103  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 210 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  31.43 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1667  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 219 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.869411 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  31.25 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.14 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  30.14 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  102  3e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  30.14 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  30.14 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  30.14 
 
 		 218 aa  102  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  33.33 
 
 		 216 aa  102  4e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  30.14 
 
 		 218 aa  102  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0478  two-component response regulator  34.3 
 
 		 215 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  30.14 
 
 		 218 aa  102  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  30.29 
 
 		 214 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3615  two component LuxR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 219 aa  101  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378192  normal  0.274637 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1804  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.16 
 
 		 212 aa  101  6e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.023063  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2126  LuxR family DNA-binding response regulator  35.07 
 
 		 219 aa  101  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118459  normal  0.107719 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4188  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  101  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.141234  hitchhiker  0.000181264 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 215 aa  101  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>