More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3060 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
215 aa  432  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  80.68 
 
 
209 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  67.46 
 
 
211 aa  269  2.9999999999999997e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  59.42 
 
 
213 aa  258  6e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2855  two component transcriptional regulator, LuxR family  60.58 
 
 
217 aa  240  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  55.14 
 
 
215 aa  229  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  49.04 
 
 
213 aa  188  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0777  LuxR family DNA binding response regulator  45.71 
 
 
215 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.891731  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2471  two component LuxR family transcriptional regulator  49.03 
 
 
220 aa  182  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  41.15 
 
 
214 aa  181  6e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0816  two component LuxR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
212 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000419268  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
214 aa  174  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  43.54 
 
 
219 aa  174  7e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  43.54 
 
 
219 aa  173  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  41.83 
 
 
214 aa  172  2.9999999999999996e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  42.31 
 
 
214 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  42.31 
 
 
214 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  42.31 
 
 
214 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  42.31 
 
 
214 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  42.31 
 
 
214 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  42.31 
 
 
214 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  42.31 
 
 
226 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  42.31 
 
 
214 aa  171  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  41.35 
 
 
214 aa  170  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
214 aa  168  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  41.23 
 
 
227 aa  168  6e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  43.27 
 
 
214 aa  168  7e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  41.83 
 
 
214 aa  167  8e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  41.63 
 
 
218 aa  167  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  42.31 
 
 
229 aa  167  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  41.83 
 
 
214 aa  166  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  41.51 
 
 
220 aa  165  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  42.79 
 
 
214 aa  165  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
212 aa  165  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  42.31 
 
 
218 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  43.06 
 
 
218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  43.06 
 
 
218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  43.06 
 
 
218 aa  164  6.9999999999999995e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0677  two component LuxR family transcriptional regulator  41.63 
 
 
211 aa  164  9e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00533706  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.79 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0320  two component LuxR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
221 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15389  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  42.79 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0703  LuxR family transcriptional regulator  41.63 
 
 
211 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000151408  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  42.79 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  42.79 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  42.79 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  42.31 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  41.63 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4099  DNA-binding response regulator GacA  41.55 
 
 
212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  0.0594882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1765  two component LuxR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456405  hitchhiker  0.00257365 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  42.79 
 
 
218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  42.79 
 
 
218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  41.9 
 
 
216 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  41.35 
 
 
214 aa  161  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  42.31 
 
 
214 aa  161  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  42.86 
 
 
218 aa  161  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  44.08 
 
 
220 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  40.87 
 
 
211 aa  160  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3024  DNA-binding response regulator GacA  39.71 
 
 
214 aa  159  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26082  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  41.9 
 
 
218 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  41.9 
 
 
218 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  41.9 
 
 
218 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  41.9 
 
 
218 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.51 
 
 
215 aa  157  8e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  41.9 
 
 
218 aa  157  8e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2897  LuxR response regulator receiver  39.23 
 
 
222 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.017691  normal  0.317002 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0357  two-component response regulator  44.93 
 
 
210 aa  157  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00848176  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  42.72 
 
 
215 aa  156  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.06 
 
 
210 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  39.23 
 
 
214 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  39.23 
 
 
214 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
210 aa  154  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  37.02 
 
 
214 aa  154  7e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  41.26 
 
 
215 aa  154  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
216 aa  153  2e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5446  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.58 
 
 
218 aa  153  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26634  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  39.91 
 
 
210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 
210 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  37.8 
 
 
216 aa  152  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1205  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.05 
 
 
212 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25030  Response regulator GacA  39.51 
 
 
209 aa  151  5.9999999999999996e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  42.33 
 
 
218 aa  151  8e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.91 
 
 
210 aa  150  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
216 aa  151  8.999999999999999e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1508  two component LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
236 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  39.23 
 
 
210 aa  150  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2722  two component LuxR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
214 aa  150  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.33 
 
 
218 aa  149  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.33 
 
 
218 aa  149  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6075  two-component response regulator  42.52 
 
 
216 aa  149  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
210 aa  149  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3828  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 
220 aa  149  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2271  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 
223 aa  149  3e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  41.04 
 
 
215 aa  149  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0949899  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1460  two component LuxR family transcriptional regulator  41.15 
 
 
210 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.39219  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3303  two component LuxR family transcriptional regulator  39.51 
 
 
222 aa  149  5e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
210 aa  148  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.15 
 
 
210 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3067  two component LuxR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
208 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.598248 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1167  two component LuxR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
213 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>