More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3829 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3829  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 211 aa  419  1e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.026767 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  67.65 
 
 		 229 aa  289  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.103244 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5941  two component LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 206 aa  153  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.234506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3144  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.71 
 
 		 232 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0816  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 212 aa  151  7e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000419268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 213 aa  142  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4967  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.92 
 
 		 220 aa  137  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.103677  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4917  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.42 
 
 		 221 aa  135  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4453  response regulator receiver  38.42 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.731843 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 214 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4923  two component LuxR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 210 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2640  two component LuxR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 205 aa  128  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.437778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3828  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.35 
 
 		 220 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4137  response regulator receiver  35.29 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.218362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4505  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.29 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.782253  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0777  LuxR family DNA binding response regulator  33.97 
 
 		 215 aa  125  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.891731  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4951  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.07 
 
 		 210 aa  125  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.710213  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0320  two component LuxR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 221 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7525  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.27 
 
 		 210 aa  125  5e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.588744  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38900  putative two-component response regulator  38.42 
 
 		 225 aa  124  9e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.899747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2089  two component LuxR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 220 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.954326  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2471  two component LuxR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 220 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2177  response regulator receiver protein  37.62 
 
 		 220 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.430622  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4619  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.8 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.167951  normal  0.786248 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1400  two component LuxR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973321  normal  0.0605156 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.65 
 
 		 217 aa  123  2e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3393  two component LuxR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 224 aa  122  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6075  two-component response regulator  34.5 
 
 		 216 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0357  two-component response regulator  35.64 
 
 		 210 aa  122  4e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00848176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 212 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  36.5 
 
 		 215 aa  122  5e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7047  two component LuxR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 215 aa  121  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976007 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2236  two-component LuxR family response regulator  33.33 
 
 		 211 aa  120  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.520528  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  32.84 
 
 		 226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3314  putative two-component response regulator  36.45 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  35.32 
 
 		 216 aa  119  3e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 216 aa  119  3e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1123  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.33 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0485  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 208 aa  119  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  32.84 
 
 		 214 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  32.35 
 
 		 214 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  32.84 
 
 		 214 aa  118  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  32.84 
 
 		 214 aa  118  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1247  LuxR family DNA-binding response regulator  32.67 
 
 		 215 aa  118  7e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  32.84 
 
 		 214 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  32.84 
 
 		 214 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  32.84 
 
 		 214 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  32.84 
 
 		 214 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4099  DNA-binding response regulator GacA  34.83 
 
 		 212 aa  117  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  0.0594882 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  32.84 
 
 		 214 aa  117  9e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1765  two component LuxR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 212 aa  117  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456405  hitchhiker  0.00257365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  34.47 
 
 		 214 aa  117  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  34.47 
 
 		 214 aa  117  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4197  two component LuxR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 230 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.182672  normal  0.341651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3131  two component LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 212 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33361 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.26 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  31.84 
 
 		 214 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 215 aa  116  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  31.68 
 
 		 214 aa  116  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  33.33 
 
 		 214 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2271  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.52 
 
 		 223 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0254  LuxR family DNA-binding response regulator  33.5 
 
 		 215 aa  115  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 212 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2672  LuxR family DNA-binding response regulator  32.51 
 
 		 212 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3672  two component LuxR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 181 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309643  hitchhiker  0.000000290511 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6781  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 212 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  32.35 
 
 		 229 aa  115  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3303  two component LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 222 aa  114  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2897  LuxR response regulator receiver  34.48 
 
 		 222 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.017691  normal  0.317002 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  31.68 
 
 		 214 aa  114  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2295  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.42 
 
 		 222 aa  114  8.999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.031577  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3024  DNA-binding response regulator GacA  34.95 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26082  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1634  LuxR family DNA-binding response regulator  31.19 
 
 		 215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0127  LuxR family DNA-binding response regulator  31.19 
 
 		 215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914848  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1551  LuxR family DNA-binding response regulator  31.19 
 
 		 215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0709  two component LuxR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25030  Response regulator GacA  34 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5446  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.47 
 
 		 218 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.86 
 
 		 213 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2722  two component LuxR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1652  two component LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 215 aa  112  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187578  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1230  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.95 
 
 		 215 aa  112  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  31.86 
 
 		 214 aa  112  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0876  two component LuxR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 233 aa  112  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  31.86 
 
 		 214 aa  112  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4347  two component LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.705126 
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  31.07 
 
 		 213 aa  112  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  31.55 
 
 		 216 aa  112  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3239  two component LuxR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 274 aa  112  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  31.07 
 
 		 213 aa  112  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4248  two component LuxR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 215 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.206342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3067  two component LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 208 aa  112  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598248 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5989  two component LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 215 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  31.84 
 
 		 227 aa  111  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3774  two component LuxR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 215 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4365  two component LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 215 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.902614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4426  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.66 
 
 		 215 aa  111  7.000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1951  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 216 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.142543  normal  0.70584 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>