More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3024 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3024  DNA-binding response regulator GacA  100 
 
 		 214 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26082  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2897  LuxR response regulator receiver  98.6 
 
 		 222 aa  430  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.017691  normal  0.317002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3067  two component LuxR family transcriptional regulator  92.79 
 
 		 208 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598248 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  89.72 
 
 		 214 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  89.72 
 
 		 214 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4099  DNA-binding response regulator GacA  90.14 
 
 		 212 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  0.0594882 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  89.62 
 
 		 214 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1765  two component LuxR family transcriptional regulator  90.14 
 
 		 212 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456405  hitchhiker  0.00257365 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  89.67 
 
 		 212 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25030  Response regulator GacA  86.12 
 
 		 209 aa  376  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3672  two component LuxR family transcriptional regulator  90.16 
 
 		 181 aa  333  1e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309643  hitchhiker  0.000000290511 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1191  two component LuxR family transcriptional regulator  64.81 
 
 		 219 aa  291  7e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.259161  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  62.15 
 
 		 214 aa  280  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  61.79 
 
 		 214 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  60.85 
 
 		 227 aa  275  5e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2132  two component LuxR family transcriptional regulator  62.74 
 
 		 214 aa  272  2.0000000000000002e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0449794  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.49 
 
 		 218 aa  260  1e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  58.49 
 
 		 218 aa  260  1e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  58.49 
 
 		 218 aa  260  1e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  58.49 
 
 		 218 aa  260  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  58.49 
 
 		 218 aa  260  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  58.49 
 
 		 218 aa  260  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  58.02 
 
 		 214 aa  259  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  58.02 
 
 		 214 aa  258  4e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  58.02 
 
 		 214 aa  258  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  58.02 
 
 		 214 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  58.02 
 
 		 214 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  58.02 
 
 		 218 aa  258  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  58.02 
 
 		 214 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  58.02 
 
 		 214 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  58.96 
 
 		 218 aa  258  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  58.96 
 
 		 218 aa  258  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  58.96 
 
 		 218 aa  258  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  58.96 
 
 		 218 aa  258  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  58.77 
 
 		 218 aa  257  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  58.49 
 
 		 218 aa  256  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  56.6 
 
 		 226 aa  256  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  58.49 
 
 		 218 aa  254  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  57.55 
 
 		 214 aa  254  6e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  57.55 
 
 		 214 aa  254  7e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  56.19 
 
 		 214 aa  253  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  57.55 
 
 		 218 aa  252  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  58.49 
 
 		 218 aa  251  5.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  58.49 
 
 		 218 aa  250  9.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  55.14 
 
 		 214 aa  250  9.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  56.6 
 
 		 229 aa  250  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  56.13 
 
 		 214 aa  250  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  53.05 
 
 		 214 aa  250  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  57.08 
 
 		 214 aa  250  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  56.4 
 
 		 214 aa  250  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  57.01 
 
 		 216 aa  249  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  56.6 
 
 		 218 aa  249  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  56.6 
 
 		 218 aa  249  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  56.6 
 
 		 218 aa  249  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  57.48 
 
 		 220 aa  248  4e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003098  BarA-associated response regulator UvrY  61.83 
 
 		 188 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000268807  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0677  two component LuxR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 211 aa  243  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00533706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0703  LuxR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 211 aa  242  3e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000151408  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  55.66 
 
 		 219 aa  240  1e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  54.98 
 
 		 219 aa  240  1e-62  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 211 aa  236  2e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 214 aa  226  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01869  hypothetical protein  57.3 
 
 		 191 aa  222  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000330184  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2054  response regulator receiver domain-containing protein  55.33 
 
 		 198 aa  221  6e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.595634 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3242  two component LuxR family transcriptional regulator  51.43 
 
 		 213 aa  218  7e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000371761  hitchhiker  0.000468813 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  52.58 
 
 		 220 aa  217  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 216 aa  208  5e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01879  response regulator  58.9 
 
 		 169 aa  206  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000614586  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.71 
 
 		 215 aa  199  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  45.5 
 
 		 216 aa  198  3.9999999999999996e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  45.5 
 
 		 216 aa  198  3.9999999999999996e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  45.97 
 
 		 214 aa  197  7.999999999999999e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  45.5 
 
 		 214 aa  195  5.000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  45.71 
 
 		 211 aa  190  2e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2177  response regulator receiver protein  43.27 
 
 		 220 aa  188  5e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.430622  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2089  two component LuxR family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 220 aa  188  5e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.954326  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0830  transcriptional regulator  45.24 
 
 		 211 aa  187  8e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  42.92 
 
 		 215 aa  184  8e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 217 aa  180  1e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  44.55 
 
 		 217 aa  180  1e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 213 aa  176  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1804  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.33 
 
 		 212 aa  171  5.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.023063  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 215 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  40.57 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 213 aa  166  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.91 
 
 		 210 aa  159  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.71 
 
 		 215 aa  159  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 214 aa  159  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  37.91 
 
 		 210 aa  159  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 215 aa  159  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.91 
 
 		 210 aa  158  7e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 211 aa  155  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 210 aa  153  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2855  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.38 
 
 		 217 aa  153  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1402  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 211 aa  153  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0881  two component LuxR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 210 aa  151  8.999999999999999e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464883  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3794  two component LuxR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 209 aa  150  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 211 aa  150  1e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4382  two component LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 209 aa  150  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>