More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1951 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1951  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  433  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.142543  normal  0.70584 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  78.77 
 
 		 212 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3131  two component LuxR family transcriptional regulator  78.3 
 
 		 212 aa  334  5e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33361 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2672  LuxR family DNA-binding response regulator  78.77 
 
 		 212 aa  334  7e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38900  putative two-component response regulator  68.54 
 
 		 225 aa  270  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.899747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3314  putative two-component response regulator  68.08 
 
 		 225 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0777  LuxR family DNA binding response regulator  44.55 
 
 		 215 aa  185  4e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.891731  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2722  two component LuxR family transcriptional regulator  48.1 
 
 		 214 aa  176  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 213 aa  166  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2471  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 211 aa  157  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1785  two component LuxR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 206 aa  153  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.762084  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0357  two-component response regulator  41.63 
 
 		 210 aa  149  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00848176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 213 aa  147  8e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3144  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.44 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  35.41 
 
 		 214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0816  two component LuxR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 212 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000419268  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.27 
 
 		 215 aa  145  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 215 aa  144  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06630  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  37.68 
 
 		 215 aa  144  1e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.252447  normal  0.303532 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6075  two-component response regulator  40.28 
 
 		 216 aa  143  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 214 aa  142  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  39.05 
 
 		 209 aa  141  8e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  35.58 
 
 		 218 aa  141  9e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 214 aa  141  9e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  34.62 
 
 		 218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  34.62 
 
 		 218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  34.62 
 
 		 218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  34.62 
 
 		 218 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 210 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 215 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  34.62 
 
 		 218 aa  138  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1290  two component LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 209 aa  138  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.542915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2640  two component LuxR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 205 aa  137  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.437778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 210 aa  137  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  33.65 
 
 		 218 aa  136  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  35.38 
 
 		 218 aa  136  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5446  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.48 
 
 		 218 aa  136  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26634  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.65 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3242  two component LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 213 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000371761  hitchhiker  0.000468813 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  33.65 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  33.65 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  33.65 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  33.65 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  33.65 
 
 		 218 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2271  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.91 
 
 		 223 aa  135  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0478  two-component response regulator  38.57 
 
 		 215 aa  135  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3828  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 220 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4426  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.46 
 
 		 215 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  33.01 
 
 		 214 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4559  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.46 
 
 		 215 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0669727  normal  0.0839611 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 214 aa  134  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  34.45 
 
 		 219 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1895  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.59 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.61 
 
 		 217 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0320  two component LuxR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 221 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  39.15 
 
 		 220 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1167  two component LuxR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 213 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  33.96 
 
 		 218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  33.96 
 
 		 218 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0192  response regulator transcription regulator protein  40.98 
 
 		 215 aa  132  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.028731 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  31.75 
 
 		 214 aa  132  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  34.45 
 
 		 219 aa  132  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.88 
 
 		 218 aa  132  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1981  transcriptional regulatory protein DegU, putative  35.85 
 
 		 218 aa  132  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  35.89 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  35.89 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  33.49 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  32.06 
 
 		 227 aa  132  6e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 210 aa  131  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  34.62 
 
 		 218 aa  131  6e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  34.62 
 
 		 218 aa  131  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  34.62 
 
 		 218 aa  131  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3303  two component LuxR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2463  response regulator receiver  34.6 
 
 		 217 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 214 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25030  Response regulator GacA  34.63 
 
 		 209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2415  two component LuxR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 217 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3481  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.016753  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2855  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 217 aa  129  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 215 aa  129  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.721789  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 216 aa  129  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4937  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.41 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.570807  normal  0.210467 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4256  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 215 aa  129  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1336  two component LuxR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 208 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.75 
 
 		 226 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4248  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 215 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.206342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3774  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 215 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  35.05 
 
 		 220 aa  128  5.0000000000000004e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4099  DNA-binding response regulator GacA  35.68 
 
 		 212 aa  128  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  0.0594882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1765  two component LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 212 aa  128  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456405  hitchhiker  0.00257365 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 209 aa  128  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  34.13 
 
 		 218 aa  128  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1460  two component LuxR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 210 aa  128  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.39219  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1652  two component LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 215 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187578  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  33.02 
 
 		 214 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>