More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2672 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2672  LuxR family DNA-binding response regulator  100 
 
 		 212 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3091  two component LuxR family transcriptional regulator  99.53 
 
 		 212 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3131  two component LuxR family transcriptional regulator  97.17 
 
 		 212 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.33361 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1951  two component LuxR family transcriptional regulator  78.77 
 
 		 216 aa  334  7e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.142543  normal  0.70584 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38900  putative two-component response regulator  65.88 
 
 		 225 aa  261  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.899747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3314  putative two-component response regulator  63.98 
 
 		 225 aa  251  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0777  LuxR family DNA binding response regulator  43.33 
 
 		 215 aa  174  6e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.891731  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2722  two component LuxR family transcriptional regulator  46.41 
 
 		 214 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.378798 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 213 aa  156  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 211 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 213 aa  149  3e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0816  two component LuxR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 212 aa  149  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000419268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2471  two component LuxR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 220 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.55611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  36.06 
 
 		 214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  36.23 
 
 		 218 aa  145  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  36.06 
 
 		 214 aa  145  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3144  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.49 
 
 		 232 aa  145  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  37.26 
 
 		 218 aa  144  9e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  33.01 
 
 		 214 aa  144  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6075  two-component response regulator  42.03 
 
 		 216 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  36.67 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  36.67 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  36.23 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  36.23 
 
 		 218 aa  142  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  36.67 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3067  two component LuxR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 208 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598248 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  36.67 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  36.67 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  36.67 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  36.36 
 
 		 218 aa  142  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1785  two component LuxR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 206 aa  142  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.762084  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  36.36 
 
 		 218 aa  142  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  36.36 
 
 		 218 aa  142  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  36.36 
 
 		 218 aa  142  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 214 aa  142  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  36.36 
 
 		 218 aa  141  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  36.23 
 
 		 218 aa  141  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  36.23 
 
 		 218 aa  141  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  36.23 
 
 		 218 aa  141  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.54 
 
 		 210 aa  141  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  36.84 
 
 		 220 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  34.62 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2271  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.28 
 
 		 223 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 214 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  35.75 
 
 		 218 aa  139  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 215 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  38.76 
 
 		 209 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25030  Response regulator GacA  35.92 
 
 		 209 aa  138  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2640  two component LuxR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 205 aa  137  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.437778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.89 
 
 		 218 aa  137  7.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  33.65 
 
 		 214 aa  137  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 210 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06630  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  37.02 
 
 		 215 aa  137  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.252447  normal  0.303532 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.39 
 
 		 209 aa  136  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1895  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.18 
 
 		 213 aa  135  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1981  transcriptional regulatory protein DegU, putative  38.21 
 
 		 218 aa  135  5e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0357  two-component response regulator  39.9 
 
 		 210 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00848176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1167  two component LuxR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 213 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 214 aa  134  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5446  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.94 
 
 		 218 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.26634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3406  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.32 
 
 		 214 aa  134  9e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  35.24 
 
 		 216 aa  134  9e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4563  two component LuxR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 214 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0560765 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.5 
 
 		 217 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0709  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.421893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5187  two component LuxR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 214 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5672  two component LuxR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 214 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685344 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.92 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1100  LuxR family DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2071  LuxR family DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2364  LuxR family DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3248  LuxR family DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.780539  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1463  LuxR family DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  34.91 
 
 		 214 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1379  LuxR family DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  34.91 
 
 		 214 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0320  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 221 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3133  LuxR family DNA-binding response regulator  36.63 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.57 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3828  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.44 
 
 		 220 aa  132  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 213 aa  132  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2172  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 		 210 aa  132  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 216 aa  132  3e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4946  two component LuxR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 214 aa  132  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0203352 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6469  two component LuxR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 213 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.53826 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0026  two component LuxR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 212 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.54 
 
 		 210 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  35.47 
 
 		 214 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5498  two component LuxR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 214 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00509748 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  38.86 
 
 		 220 aa  131  6e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 228 aa  131  6e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2335  LuxR family DNA-binding response regulator  36.14 
 
 		 215 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>