102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1840 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 131 aa  272  1.0000000000000001e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  76.34 
 
 		 131 aa  219  8e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1337  transcriptional regulator, XRE family  73.85 
 
 		 136 aa  199  9.999999999999999e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1375  XRE family transcriptional regulator  72.31 
 
 		 136 aa  194  4.0000000000000005e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0363  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 133 aa  109  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02893  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.93 
 
 		 131 aa  105  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.436146  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0679  transcriptional regulator, XRE family  38.93 
 
 		 131 aa  105  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3199  Cro/CI family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 131 aa  105  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0676  XRE family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 131 aa  105  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.269723 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02843  hypothetical protein  38.93 
 
 		 131 aa  105  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.374283  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3528  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 133 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1536  XRE family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 133 aa  103  9e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4193  XRE family transcriptional regulator  45.8 
 
 		 133 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.990489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4634  helix-turn-helix domain-containing protein  44.36 
 
 		 133 aa  100  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5547  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 133 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.273905 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 155 aa  99  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2210  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 157 aa  96.7  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.752058  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0889  putative transcriptional regulator  38.64 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3859  hypothetical protein  38.64 
 
 		 132 aa  95.5  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.632136  normal  0.0282263 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3776  XRE family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 133 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1834  transcriptional regulator, XRE family  95.35 
 
 		 52 aa  89.4  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4204  Cro/CI family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 133 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1649  helix-turn-helix domain-containing protein  38.35 
 
 		 133 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.50552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  37.01 
 
 		 140 aa  87  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209704  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2211  hypothetical protein  36.76 
 
 		 165 aa  86.7  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.371896  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1988  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 132 aa  81.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4657  XRE family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 142 aa  63.5  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1441  hypothetical protein  33.33 
 
 		 137 aa  60.8  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2307  hypothetical protein  31 
 
 		 204 aa  53.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133913 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 147 aa  48.9  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1410  hypothetical protein  26.15 
 
 		 168 aa  48.5  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117537  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2502  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 333 aa  48.9  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000318024  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0030  hypothetical protein  32.98 
 
 		 334 aa  47  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 102 aa  45.4  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  40 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  31.91 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  28.87 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1065  XRE family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 167 aa  45.4  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.492346  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  35.19 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 108 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 117 aa  45.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4076  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 157 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.541899 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 204 aa  44.3  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 95 aa  44.3  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 98 aa  44.3  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.55 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  34.55 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  29.17 
 
 		 105 aa  43.9  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  34.55 
 
 		 109 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 108 aa  43.9  0.0008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  28.12 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  28.57 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  30.12 
 
 		 98 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  33.96 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  42.37 
 
 		 216 aa  42.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3627  transcriptional regulator, XRE family  27.71 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  29.21 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0955  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 232 aa  42.7  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  40.68 
 
 		 216 aa  41.6  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 100 aa  42  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 107 aa  42  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2216  hypothetical protein  23.81 
 
 		 295 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0015344  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  40.68 
 
 		 216 aa  41.6  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 99 aa  42  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 208 aa  42  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 		 100 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 218 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0856  hypothetical protein  40.68 
 
 		 102 aa  41.2  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.90403e-25  unclonable  0.0000000671481 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0970  Cro/CI family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 95 aa  41.6  0.004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0726306  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  38.6 
 
 		 209 aa  41.6  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 206 aa  41.6  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 209 aa  41.2  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  31.03 
 
 		 104 aa  41.2  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 209 aa  41.6  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4293  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 239 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1649  transcriptional regulator, XRE family  38 
 
 		 108 aa  41.2  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000457933  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  43.14 
 
 		 272 aa  40.8  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 110 aa  40.8  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 203 aa  40.4  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0956  hypothetical protein  35.48 
 
 		 80 aa  40.8  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0315306 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1215  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 339 aa  40.8  0.007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 152 aa  40.8  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  47.92 
 
 		 410 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  44.68 
 
 		 436 aa  40.4  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  25.81 
 
 		 101 aa  40  0.009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>