37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3528 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3528  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 133 aa  276  8e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3776  XRE family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 133 aa  223  7e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4204  Cro/CI family transcriptional regulator  81.2 
 
 		 133 aa  214  4e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1649  helix-turn-helix domain-containing protein  81.2 
 
 		 133 aa  214  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.50552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0363  XRE family transcriptional regulator  63.91 
 
 		 133 aa  187  5e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4193  XRE family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 133 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.990489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4634  helix-turn-helix domain-containing protein  66.92 
 
 		 133 aa  176  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5547  XRE family transcriptional regulator  66.17 
 
 		 133 aa  174  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.273905 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1536  XRE family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 133 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3859  hypothetical protein  49.62 
 
 		 132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.632136  normal  0.0282263 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0889  putative transcriptional regulator  49.62 
 
 		 132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0679  transcriptional regulator, XRE family  48.09 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02843  hypothetical protein  48.09 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.374283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0676  XRE family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.269723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3199  Cro/CI family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02893  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.09 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.436146  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2210  XRE family transcriptional regulator  51.13 
 
 		 157 aa  142  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.752058  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2211  hypothetical protein  45.11 
 
 		 165 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.371896  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 131 aa  103  6e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 131 aa  99  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  37.98 
 
 		 140 aa  96.3  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209704  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1988  transcriptional regulator, XRE family  36.22 
 
 		 132 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 155 aa  77  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1375  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1337  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 136 aa  75.1  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1441  hypothetical protein  33.86 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4657  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1834  transcriptional regulator, XRE family  59.57 
 
 		 52 aa  60.8  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1410  hypothetical protein  27.91 
 
 		 168 aa  57  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117537  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2307  hypothetical protein  30.33 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133913 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1065  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 167 aa  43.9  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.492346  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  26.32 
 
 		 104 aa  42.7  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1570  hypothetical protein  36.84 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104651  normal  0.046971 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2502  transcriptional regulator, XRE family  30.84 
 
 		 333 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000318024  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2216  hypothetical protein  22.05 
 
 		 295 aa  41.6  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0015344  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  25.81 
 
 		 104 aa  41.2  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 		 102 aa  40.4  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>