134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1708 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 102 aa  205  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  56 
 
 		 103 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  58.76 
 
 		 103 aa  114  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 103 aa  114  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  55.21 
 
 		 103 aa  110  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  56.7 
 
 		 102 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  41.6 
 
 		 130 aa  94.4  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  51.85 
 
 		 94 aa  87.4  6e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  51.22 
 
 		 89 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  49.38 
 
 		 94 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  51.9 
 
 		 201 aa  81.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 95 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  39.22 
 
 		 104 aa  77.4  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  44.09 
 
 		 95 aa  77  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  38.24 
 
 		 104 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  37.25 
 
 		 104 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  45.98 
 
 		 96 aa  68.6  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  40.7 
 
 		 102 aa  67.8  0.00000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  42.68 
 
 		 96 aa  66.6  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  55.77 
 
 		 53 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 95 aa  63.5  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  43.02 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  44.78 
 
 		 95 aa  60.1  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  35.96 
 
 		 102 aa  60.1  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 99 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 147 aa  57.4  0.00000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  38.33 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 102 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 98 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 104 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  42.37 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  31.58 
 
 		 104 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 94 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  42.62 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  40.48 
 
 		 107 aa  55.1  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 98 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 94 aa  53.5  0.0000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 		 95 aa  53.5  0.0000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  40.35 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 96 aa  53.5  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 94 aa  52.4  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 96 aa  52.4  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 100 aa  52  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 119 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  44.64 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  37.8 
 
 		 94 aa  51.2  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  41.07 
 
 		 106 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  34.67 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  48.78 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  48.78 
 
 		 106 aa  48.9  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  48.78 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  48.78 
 
 		 106 aa  48.9  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  48.78 
 
 		 106 aa  48.9  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  48.78 
 
 		 106 aa  48.9  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  48.78 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  39.66 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 98 aa  48.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 111 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 111 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 130 aa  47.4  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 107 aa  47.4  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 107 aa  47.4  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  44.9 
 
 		 101 aa  47.4  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  42.31 
 
 		 101 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 97 aa  47  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  37.93 
 
 		 98 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 106 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  40 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 121 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  38.33 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  30.12 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  34.74 
 
 		 101 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  38.6 
 
 		 175 aa  44.7  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 108 aa  43.9  0.0008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  30.43 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  29.35 
 
 		 95 aa  43.5  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>