46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4657 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4657  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 142 aa  284  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1441  hypothetical protein  50.39 
 
 		 137 aa  126  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2210  XRE family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 157 aa  71.6  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.752058  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0679  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 131 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0676  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 131 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.269723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3199  Cro/CI family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 131 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02843  hypothetical protein  32.2 
 
 		 131 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.374283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02893  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.2 
 
 		 131 aa  70.1  0.000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.436146  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209704  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0889  putative transcriptional regulator  35.9 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3859  hypothetical protein  35.9 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.632136  normal  0.0282263 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 155 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1375  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 136 aa  63.5  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1536  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  33.62 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4193  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.990489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1337  transcriptional regulator, XRE family  35.34 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3528  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2211  hypothetical protein  33.59 
 
 		 165 aa  60.5  0.000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.371896  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1988  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 132 aa  59.7  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0363  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 133 aa  58.2  0.00000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0030  hypothetical protein  36.27 
 
 		 334 aa  56.2  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4204  Cro/CI family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2502  transcriptional regulator, XRE family  33.59 
 
 		 333 aa  55.5  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000318024  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1649  helix-turn-helix domain-containing protein  30.65 
 
 		 133 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.50552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3776  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1410  hypothetical protein  35.45 
 
 		 168 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117537  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4634  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 133 aa  50.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 95 aa  50.4  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  40.32 
 
 		 95 aa  49.7  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 147 aa  48.5  0.00003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1834  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 		 52 aa  47.4  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5547  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 133 aa  46.2  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.273905 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0530  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  34.92 
 
 		 104 aa  44.7  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 98 aa  44.3  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5326  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 328 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000585614  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1316  hypothetical protein  26.32 
 
 		 214 aa  42  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000132332  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 110 aa  41.6  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  31.75 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 105 aa  40.8  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  26.87 
 
 		 98 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  31.48 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  38.18 
 
 		 89 aa  40  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>