83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0156 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 110 aa  223  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  74.53 
 
 		 107 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  60.38 
 
 		 107 aa  139  9.999999999999999e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  60.95 
 
 		 107 aa  139  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  57.01 
 
 		 108 aa  135  2e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 105 aa  132  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  56.73 
 
 		 105 aa  131  3e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  60.78 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  51.82 
 
 		 110 aa  124  4.0000000000000003e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 100 aa  120  9e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  62.63 
 
 		 114 aa  119  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  57.28 
 
 		 107 aa  119  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  61.62 
 
 		 113 aa  117  6e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  57.14 
 
 		 107 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  51.38 
 
 		 107 aa  114  6e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  51.38 
 
 		 107 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  48.62 
 
 		 107 aa  112  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  48.57 
 
 		 107 aa  110  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  51.02 
 
 		 100 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  50.53 
 
 		 101 aa  107  6e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  48.62 
 
 		 107 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  48.62 
 
 		 107 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  48.62 
 
 		 107 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  50 
 
 		 101 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  48.62 
 
 		 107 aa  103  6e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  54.08 
 
 		 100 aa  103  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  47.71 
 
 		 107 aa  103  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  47.71 
 
 		 107 aa  103  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  50.51 
 
 		 107 aa  103  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  49.49 
 
 		 107 aa  102  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  47.96 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 107 aa  102  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  50.51 
 
 		 101 aa  101  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  48.96 
 
 		 101 aa  100  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  48.96 
 
 		 107 aa  97.1  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  46.67 
 
 		 106 aa  92  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 112 aa  87  7e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 103 aa  87  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  56.76 
 
 		 75 aa  86.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  36.7 
 
 		 106 aa  86.7  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  37.61 
 
 		 106 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  37.61 
 
 		 106 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  39.39 
 
 		 100 aa  85.5  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  35.78 
 
 		 106 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  35.78 
 
 		 106 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  35.78 
 
 		 106 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  35.78 
 
 		 106 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  40.19 
 
 		 111 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 100 aa  75.5  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  36.27 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  36.27 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  36.27 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0841  hypothetical protein  63.49 
 
 		 68 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0431891  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  36.56 
 
 		 95 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1290  hypothetical protein  44.07 
 
 		 80 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.91858  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0471  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 111 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1405  hypothetical protein  44.23 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.923263  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0053  putative DNA-binding protein  42.86 
 
 		 53 aa  50.4  0.000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0227133  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  41.51 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  36 
 
 		 102 aa  48.1  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 102 aa  46.6  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 104 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0567  hypothetical protein  39.29 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  39.62 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  37.74 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 97 aa  45.1  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  33.33 
 
 		 104 aa  44.3  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 121 aa  43.9  0.0007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 94 aa  43.9  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  32.88 
 
 		 121 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  37.78 
 
 		 296 aa  42.4  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 133 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4657  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 142 aa  41.6  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 131 aa  42  0.003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 119 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  44.68 
 
 		 147 aa  41.6  0.004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 95 aa  40.8  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  32.89 
 
 		 131 aa  40.8  0.007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>