39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3776 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3776  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 133 aa  274  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3528  XRE family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 133 aa  243  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4204  Cro/CI family transcriptional regulator  84.96 
 
 		 133 aa  216  7e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1649  helix-turn-helix domain-containing protein  84.96 
 
 		 133 aa  216  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.50552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0363  XRE family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 133 aa  179  9.000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4193  XRE family transcriptional regulator  70.68 
 
 		 133 aa  179  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.990489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5547  XRE family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 133 aa  171  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.273905 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4634  helix-turn-helix domain-containing protein  64.66 
 
 		 133 aa  169  7.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1536  XRE family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 133 aa  168  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3859  hypothetical protein  48.85 
 
 		 132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.632136  normal  0.0282263 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0889  putative transcriptional regulator  48.85 
 
 		 132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0679  transcriptional regulator, XRE family  48.09 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0676  XRE family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.269723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3199  Cro/CI family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02893  predicted DNA-binding transcriptional regulator  48.09 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.436146  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02843  hypothetical protein  48.09 
 
 		 131 aa  143  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.374283  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2210  XRE family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 157 aa  136  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.752058  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2211  hypothetical protein  44.36 
 
 		 165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.371896  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 131 aa  106  9.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 131 aa  97.4  6e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 140 aa  90.9  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209704  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1988  transcriptional regulator, XRE family  37.3 
 
 		 132 aa  89.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 155 aa  77  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1375  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1337  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 136 aa  71.6  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1441  hypothetical protein  35.43 
 
 		 137 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4657  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1410  hypothetical protein  30.23 
 
 		 168 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117537  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1834  transcriptional regulator, XRE family  59.57 
 
 		 52 aa  59.7  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2307  hypothetical protein  31.15 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133913 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  30.14 
 
 		 104 aa  47  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  30.16 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1065  XRE family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 167 aa  44.3  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.492346  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2502  transcriptional regulator, XRE family  25.81 
 
 		 333 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000318024  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  26.87 
 
 		 104 aa  43.9  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  25.49 
 
 		 103 aa  40.4  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0030  hypothetical protein  27.42 
 
 		 334 aa  40.4  0.009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  30.65 
 
 		 102 aa  40  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>