130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1413 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  100 
 
 		 104 aa  210  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  89.42 
 
 		 104 aa  191  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  85.58 
 
 		 104 aa  182  9e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  40.38 
 
 		 104 aa  97.4  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  41.58 
 
 		 95 aa  86.3  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 102 aa  73.6  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  35.65 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  34.02 
 
 		 102 aa  64.3  0.0000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  37.33 
 
 		 94 aa  61.6  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 103 aa  62  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  33 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 95 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 119 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  41.33 
 
 		 89 aa  60.8  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  41.43 
 
 		 107 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  38.82 
 
 		 107 aa  60.1  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  48.21 
 
 		 107 aa  60.1  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 103 aa  60.1  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  39.36 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  37.97 
 
 		 106 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  40 
 
 		 107 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  40 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  40 
 
 		 107 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  40 
 
 		 107 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 97 aa  58.2  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  37.33 
 
 		 103 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 107 aa  57.8  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  52 
 
 		 201 aa  57.4  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 107 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  47.27 
 
 		 107 aa  57  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  34.02 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 107 aa  55.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  35.87 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 106 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  40 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  40 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 106 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 106 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  43.4 
 
 		 75 aa  52.8  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 100 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  43.64 
 
 		 100 aa  52.4  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  41.07 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  29.87 
 
 		 127 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 95 aa  52  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.04 
 
 		 96 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 95 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 104 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 103 aa  50.4  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  27.55 
 
 		 95 aa  50.4  0.000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  32.94 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  35.29 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  46.81 
 
 		 53 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  32.94 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  32.58 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 99 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  42.31 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  41.51 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  35 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 102 aa  47.8  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 108 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 110 aa  47.4  0.00006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  43.64 
 
 		 114 aa  47.8  0.00006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  43.64 
 
 		 113 aa  47.8  0.00006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 101 aa  47.8  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  26.88 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 106 aa  47.4  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 97 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  28.87 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 94 aa  47.4  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  36.67 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 94 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 107 aa  46.2  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  27.72 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 107 aa  47  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  29 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 147 aa  45.4  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 110 aa  45.4  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 131 aa  45.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>