39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1649 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4204  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 133 aa  277  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1649  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 133 aa  277  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.50552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3528  XRE family transcriptional regulator  81.2 
 
 		 133 aa  234  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3776  XRE family transcriptional regulator  84.96 
 
 		 133 aa  216  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0363  XRE family transcriptional regulator  60.9 
 
 		 133 aa  180  7e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4193  XRE family transcriptional regulator  66.17 
 
 		 133 aa  173  6e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.990489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5547  XRE family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 133 aa  169  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.273905 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1536  XRE family transcriptional regulator  62.41 
 
 		 133 aa  169  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4634  helix-turn-helix domain-containing protein  61.65 
 
 		 133 aa  165  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0889  putative transcriptional regulator  46.56 
 
 		 132 aa  137  3e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3859  hypothetical protein  46.56 
 
 		 132 aa  137  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.632136  normal  0.0282263 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0679  transcriptional regulator, XRE family  45.04 
 
 		 131 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3199  Cro/CI family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 131 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02893  predicted DNA-binding transcriptional regulator  45.04 
 
 		 131 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.436146  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0676  XRE family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 131 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.269723 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02843  hypothetical protein  45.04 
 
 		 131 aa  134  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.374283  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2210  XRE family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 157 aa  130  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.752058  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2211  hypothetical protein  42.86 
 
 		 165 aa  108  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.371896  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 		 131 aa  103  8e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 131 aa  97.1  7e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1300  helix-turn-helix domain-containing protein  37.98 
 
 		 140 aa  94.4  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0209704  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1988  transcriptional regulator, XRE family  35.16 
 
 		 132 aa  81.3  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1375  XRE family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1337  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4148  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 155 aa  73.6  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0797664 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1441  hypothetical protein  33.07 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4657  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 142 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1410  hypothetical protein  29.92 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117537  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1834  transcriptional regulator, XRE family  59.57 
 
 		 52 aa  59.7  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2307  hypothetical protein  30.77 
 
 		 204 aa  57.8  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133913 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2502  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 333 aa  45.8  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000318024  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2216  hypothetical protein  22.83 
 
 		 295 aa  45.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0015344  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  29.03 
 
 		 104 aa  41.6  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  29.03 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  32.79 
 
 		 95 aa  40.4  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4861  transcriptional regulator, XRE family  28.42 
 
 		 333 aa  40.4  0.007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000000181011  normal  0.977558 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  29.51 
 
 		 130 aa  40.4  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 103 aa  40.4  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  29.29 
 
 		 104 aa  40.4  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>