120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1645 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  100 
 
 		 104 aa  212  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  89.42 
 
 		 104 aa  192  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  89.42 
 
 		 104 aa  191  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  38.46 
 
 		 104 aa  92.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  40.59 
 
 		 95 aa  83.2  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 102 aa  77.4  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  46.27 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  38.67 
 
 		 103 aa  62.8  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  38.3 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  46.43 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 103 aa  61.6  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  46.43 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 119 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 103 aa  60.8  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  36 
 
 		 94 aa  60.5  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  35.79 
 
 		 102 aa  60.5  0.000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  31.96 
 
 		 102 aa  60.1  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  40 
 
 		 89 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 107 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 107 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 95 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  37.97 
 
 		 106 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  47.27 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  30.43 
 
 		 127 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 107 aa  55.5  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  43.64 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 107 aa  54.7  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  37.65 
 
 		 101 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  41.51 
 
 		 106 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  41.51 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  41.51 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  41.51 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 106 aa  53.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  41.51 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  41.51 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  33 
 
 		 103 aa  52  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 95 aa  50.8  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  32.98 
 
 		 101 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 107 aa  50.8  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 107 aa  50.4  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 95 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  40 
 
 		 100 aa  50.4  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 110 aa  49.7  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.04 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  30.93 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  46.81 
 
 		 53 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 100 aa  49.3  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  40.38 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  42.31 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 94 aa  48.9  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 130 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  36 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  27.55 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  40 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  43.64 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  43.64 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 108 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 108 aa  47.4  0.00006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 106 aa  47.4  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 96 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 99 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  35 
 
 		 95 aa  46.2  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  30.34 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  31.33 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  35 
 
 		 98 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 105 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  40.82 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 102 aa  45.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 96 aa  45.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 121 aa  45.4  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  26.8 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 147 aa  45.1  0.0004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  28 
 
 		 94 aa  44.3  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 96 aa  44.3  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  32.73 
 
 		 107 aa  44.3  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2358  hypothetical protein  57.58 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>