88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_1506 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
106 aa  211  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 
111 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  49 
 
 
111 aa  99  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  42.57 
 
 
119 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  46.24 
 
 
106 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  43.06 
 
 
131 aa  66.6  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  44.16 
 
 
120 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
96 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
96 aa  61.6  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 
130 aa  60.5  0.000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  37.5 
 
 
127 aa  60.5  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 
97 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 
133 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 
95 aa  58.2  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 
121 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  41.67 
 
 
96 aa  57.8  0.00000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 
121 aa  57.4  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  44.07 
 
 
96 aa  57  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 
95 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 
96 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  46.55 
 
 
96 aa  55.5  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
96 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
96 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 
96 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
96 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 
98 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  50.98 
 
 
99 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  45 
 
 
95 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  46.55 
 
 
98 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  48.15 
 
 
98 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 
96 aa  53.9  0.0000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
96 aa  53.9  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 
98 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
99 aa  52.8  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  43.1 
 
 
98 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  44.83 
 
 
96 aa  52  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 
96 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 
97 aa  51.6  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  40.28 
 
 
94 aa  51.2  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  40.28 
 
 
94 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 
95 aa  50.8  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  44.83 
 
 
96 aa  50.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
96 aa  50.1  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  44.83 
 
 
98 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  33.33 
 
 
102 aa  48.9  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1489  hypothetical protein  66.67 
 
 
113 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 
97 aa  48.1  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3174  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 
92 aa  48.9  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.024202  normal  0.0514125 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  38.6 
 
 
94 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  30.26 
 
 
103 aa  47.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  33.9 
 
 
104 aa  47.4  0.00006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  41.07 
 
 
95 aa  47.8  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
103 aa  47.4  0.00007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  35.09 
 
 
104 aa  47.4  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 
102 aa  47  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  28.79 
 
 
102 aa  47  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  26.23 
 
 
103 aa  47  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  40.35 
 
 
107 aa  46.2  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2439  hypothetical protein  47.5 
 
 
63 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3671  hypothetical protein  47.5 
 
 
63 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 
102 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  38.24 
 
 
100 aa  45.4  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  41.07 
 
 
175 aa  46.2  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  33.33 
 
 
104 aa  45.4  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3788  hypothetical protein  34.43 
 
 
68 aa  45.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.839314  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  30.38 
 
 
103 aa  45.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  39.62 
 
 
201 aa  45.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 
97 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  39.66 
 
 
102 aa  45.1  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  39.66 
 
 
61 aa  44.7  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 
94 aa  44.3  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  28.41 
 
 
101 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  36.76 
 
 
75 aa  42.7  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  32.65 
 
 
101 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0612  hypothetical protein  36.92 
 
 
81 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  35.09 
 
 
89 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  33.33 
 
 
104 aa  42  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  40.91 
 
 
194 aa  41.6  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3970  hypothetical protein  42.86 
 
 
65 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000969119 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0628  hypothetical protein  45 
 
 
65 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3034  hypothetical protein  43.9 
 
 
66 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.935621  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 
97 aa  40.8  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3086  hypothetical protein  43.9 
 
 
66 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 
94 aa  40.8  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
94 aa  40.4  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  32.65 
 
 
101 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  34.69 
 
 
130 aa  40.4  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>