123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4174 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  100 
 
 		 107 aa  219  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  99.07 
 
 		 107 aa  218  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  99.07 
 
 		 107 aa  216  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  99.07 
 
 		 107 aa  216  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  98.13 
 
 		 107 aa  215  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  88.79 
 
 		 107 aa  198  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  81.31 
 
 		 107 aa  185  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  80.37 
 
 		 107 aa  183  6e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  67.92 
 
 		 107 aa  147  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  62.26 
 
 		 107 aa  132  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  61.32 
 
 		 107 aa  130  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  60.38 
 
 		 107 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  50.96 
 
 		 106 aa  120  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  50.96 
 
 		 106 aa  120  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  50.96 
 
 		 106 aa  120  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  50.96 
 
 		 106 aa  120  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  50.96 
 
 		 106 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  50 
 
 		 106 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  50 
 
 		 106 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  50.47 
 
 		 108 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  50.49 
 
 		 106 aa  114  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  51.46 
 
 		 107 aa  113  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  49.06 
 
 		 107 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 		 107 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  51.92 
 
 		 113 aa  108  3e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 110 aa  106  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  51.92 
 
 		 114 aa  106  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  45.79 
 
 		 107 aa  105  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  47 
 
 		 105 aa  104  3e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 105 aa  103  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  47.92 
 
 		 101 aa  103  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 107 aa  102  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  48.96 
 
 		 101 aa  97.4  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  45.74 
 
 		 108 aa  94  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  42.57 
 
 		 101 aa  93.6  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 110 aa  93.6  9e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  43.43 
 
 		 101 aa  90.5  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 100 aa  88.6  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  42.71 
 
 		 100 aa  88.2  4e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  40.38 
 
 		 107 aa  85.9  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  50.67 
 
 		 75 aa  84.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  41.3 
 
 		 100 aa  83.2  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  42.99 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  36.73 
 
 		 100 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  38.04 
 
 		 100 aa  79.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 100 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 103 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 111 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 112 aa  63.9  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  40 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  44.64 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  44.64 
 
 		 104 aa  58.5  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 104 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  51.61 
 
 		 95 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  40.38 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  39.62 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  40.82 
 
 		 94 aa  51.2  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  43.14 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 95 aa  50.4  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 102 aa  49.7  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0471  putative transcriptional regulator  53.06 
 
 		 111 aa  49.3  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 95 aa  49.7  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  35.56 
 
 		 109 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  35.56 
 
 		 109 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 109 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  35.56 
 
 		 109 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  48 
 
 		 147 aa  48.5  0.00003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  40.82 
 
 		 95 aa  47.8  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 97 aa  47.4  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 119 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 96 aa  47.4  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0567  hypothetical protein  44.19 
 
 		 108 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0841  hypothetical protein  39.39 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0431891  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  45.65 
 
 		 130 aa  46.2  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  35.29 
 
 		 94 aa  45.1  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  37.25 
 
 		 104 aa  44.7  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  45.65 
 
 		 94 aa  44.7  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  33.8 
 
 		 96 aa  44.3  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 98 aa  43.9  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  45.24 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  41.3 
 
 		 89 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0161  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03405  predicted transcriptional regulator  30.85 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0157  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  37.25 
 
 		 95 aa  43.5  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  28.92 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3756  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4051  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1045  putative transcriptional regulator  48 
 
 		 52 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0669957  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3876  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3971  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>