104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0860 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 109 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 109 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  100 
 
 		 109 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  100 
 
 		 109 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 110 aa  67.4  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 103 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 107 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 107 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 107 aa  59.7  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 105 aa  59.3  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 110 aa  58.5  0.00000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  40.68 
 
 		 101 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  34.91 
 
 		 101 aa  57.8  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 112 aa  57.4  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 100 aa  57  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  29.41 
 
 		 107 aa  54.3  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 108 aa  53.9  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  40.68 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  34.02 
 
 		 111 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 100 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 107 aa  53.5  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  29.7 
 
 		 107 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  29.91 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 96 aa  52  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 108 aa  51.6  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  37.68 
 
 		 103 aa  51.6  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  28.12 
 
 		 101 aa  50.8  0.000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 107 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 107 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  34.52 
 
 		 107 aa  50.4  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 94 aa  50.4  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  27.78 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  35.56 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 102 aa  48.9  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  35.56 
 
 		 107 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  39.58 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  39.58 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 107 aa  47.4  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 104 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  34.44 
 
 		 107 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 		 114 aa  46.6  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  42.59 
 
 		 95 aa  45.4  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  31.78 
 
 		 113 aa  45.8  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 103 aa  45.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 131 aa  43.9  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2731  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 166 aa  43.9  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 99 aa  43.9  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 95 aa  43.5  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 433 aa  43.5  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  47.37 
 
 		 459 aa  42.7  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  32.84 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 358 aa  42.4  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  36.21 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 94 aa  42  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  36.21 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  36.21 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  36.21 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  36.21 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  36.21 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  36.21 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 161 aa  42.4  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  51.28 
 
 		 208 aa  42.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  27.27 
 
 		 100 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 359 aa  42  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 94 aa  42  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  30.56 
 
 		 95 aa  42  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4861  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 333 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000000181011  normal  0.977558 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1274  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 152 aa  41.2  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.222413  normal  0.176639 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4619  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 72 aa  41.2  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.985933  normal  0.0107743 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12010  predicted transcription factor, MBF1 like protein  36.84 
 
 		 284 aa  41.6  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0753  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.389457  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0576  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 74 aa  41.2  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016932  normal  0.922143 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0638  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 74 aa  41.2  0.005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000543981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 229 aa  41.2  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 186 aa  41.2  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  33.78 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0652  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 75 aa  40.8  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0596  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 75 aa  40.8  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.128395  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0597  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 75 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 244 aa  40.8  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  33.78 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0134  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 152 aa  40.8  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000191075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0813  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.371509  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0741  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 72 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000153081 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  39.22 
 
 		 194 aa  40.8  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0686  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000669096  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  32.76 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 121 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  38 
 
 		 205 aa  40.4  0.008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0678  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  40  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 103 aa  40.4  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>