146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0304 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
96 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  50.57 
 
 
94 aa  94.7  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  50.57 
 
 
94 aa  94.7  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  50.57 
 
 
94 aa  94  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
96 aa  91.3  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  50 
 
 
96 aa  89.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
96 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  47.73 
 
 
98 aa  88.2  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  45.74 
 
 
96 aa  87  7e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
95 aa  86.3  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  49.47 
 
 
96 aa  86.3  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  43.96 
 
 
97 aa  84  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
97 aa  84  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  48.86 
 
 
98 aa  83.2  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 
99 aa  83.2  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 
97 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  45.05 
 
 
96 aa  80.9  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
102 aa  78.2  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  42.05 
 
 
95 aa  75.9  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  44.57 
 
 
102 aa  75.1  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  44.57 
 
 
98 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  51.28 
 
 
95 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  47.44 
 
 
95 aa  68.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  46.51 
 
 
97 aa  69.3  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2941  putative DNA-binding protein  41.76 
 
 
97 aa  66.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.73394  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  41.86 
 
 
96 aa  65.5  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  48.39 
 
 
96 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 
98 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  47.89 
 
 
131 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 
96 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  44.87 
 
 
99 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  50 
 
 
61 aa  63.9  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 
96 aa  63.5  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 
96 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
121 aa  63.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 
96 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 
96 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 
96 aa  63.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  37.36 
 
 
98 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 
96 aa  62.4  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 
106 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  45.24 
 
 
121 aa  62  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 
106 aa  61.6  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  49.23 
 
 
130 aa  61.2  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  38.89 
 
 
98 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
133 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 
97 aa  59.3  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  41.1 
 
 
175 aa  58.5  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  32.97 
 
 
102 aa  58.2  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  38.82 
 
 
111 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  49.02 
 
 
75 aa  57.8  0.00000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 
103 aa  57.4  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 
96 aa  57.8  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  38.82 
 
 
111 aa  57.8  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 
103 aa  57  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  42.11 
 
 
127 aa  57  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  37.21 
 
 
95 aa  56.6  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
119 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 
102 aa  55.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  41.43 
 
 
201 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  41.79 
 
 
103 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 
102 aa  54.3  0.0000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 
94 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  50 
 
 
101 aa  53.1  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  33.71 
 
 
98 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
94 aa  52.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  45.1 
 
 
94 aa  52  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  40.51 
 
 
103 aa  52  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  39.56 
 
 
100 aa  52  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  39.29 
 
 
101 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  42.65 
 
 
107 aa  51.2  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  40.38 
 
 
101 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 
94 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 
130 aa  50.4  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  37.7 
 
 
89 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  34.41 
 
 
104 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 
94 aa  50.4  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
107 aa  50.4  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  35.44 
 
 
94 aa  49.7  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 
120 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  43.75 
 
 
53 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
95 aa  48.9  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  37.93 
 
 
107 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  37.93 
 
 
107 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  38.89 
 
 
109 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  38.89 
 
 
109 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  41.18 
 
 
95 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 
109 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  38.89 
 
 
109 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  39.71 
 
 
95 aa  48.1  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 
147 aa  48.1  0.00004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  39.71 
 
 
95 aa  47.8  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  35.09 
 
 
104 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6166  hypothetical protein  45.65 
 
 
64 aa  47.8  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  38.18 
 
 
104 aa  47.4  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  36.21 
 
 
107 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  36.21 
 
 
107 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  36.21 
 
 
107 aa  47.4  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4444  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
109 aa  47  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 
107 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>