99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4312 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 108 aa  218  3e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  58.82 
 
 		 107 aa  131  3e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  70.71 
 
 		 107 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 110 aa  128  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  58.42 
 
 		 107 aa  128  3e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  56.19 
 
 		 107 aa  120  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 105 aa  118  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  52.34 
 
 		 108 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  52.88 
 
 		 107 aa  112  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  50.98 
 
 		 105 aa  110  8.000000000000001e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  52.88 
 
 		 114 aa  107  5e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  47.47 
 
 		 107 aa  105  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  51.92 
 
 		 113 aa  105  3e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 110 aa  103  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  54.17 
 
 		 107 aa  101  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  46.39 
 
 		 101 aa  99.4  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 100 aa  99.8  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 107 aa  98.6  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  47.96 
 
 		 107 aa  98.6  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  45.79 
 
 		 107 aa  96.7  9e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  43.43 
 
 		 100 aa  96.3  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  45.74 
 
 		 107 aa  95.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  45.74 
 
 		 107 aa  95.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  45.74 
 
 		 107 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  46.24 
 
 		 107 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  45.74 
 
 		 107 aa  94  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  43.93 
 
 		 107 aa  94  7e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 100 aa  93.6  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  45.26 
 
 		 106 aa  93.2  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  42.86 
 
 		 106 aa  92  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  45.74 
 
 		 107 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  45.74 
 
 		 107 aa  92  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 		 107 aa  91.7  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  43 
 
 		 101 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  41.84 
 
 		 106 aa  91.3  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  41 
 
 		 101 aa  90.9  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  41.84 
 
 		 106 aa  90.5  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  45 
 
 		 101 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  40.82 
 
 		 106 aa  90.9  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  41.84 
 
 		 106 aa  90.5  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  40.82 
 
 		 106 aa  90.9  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  41.84 
 
 		 106 aa  90.5  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  45 
 
 		 100 aa  88.2  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 112 aa  86.7  9e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 111 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  50.67 
 
 		 75 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  36.46 
 
 		 100 aa  77.4  0.00000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 103 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 100 aa  72  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  43.33 
 
 		 95 aa  65.5  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 95 aa  56.6  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 109 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 109 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  41.94 
 
 		 109 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  41.94 
 
 		 109 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0841  hypothetical protein  52.54 
 
 		 68 aa  53.5  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0431891  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0471  putative transcriptional regulator  34.23 
 
 		 111 aa  53.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0567  hypothetical protein  61.54 
 
 		 108 aa  51.2  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 95 aa  48.1  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  33.33 
 
 		 104 aa  47.8  0.00005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  33.33 
 
 		 104 aa  47.8  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1405  hypothetical protein  45.28 
 
 		 130 aa  47.4  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.923263  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 98 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  31.33 
 
 		 104 aa  47.4  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 97 aa  47  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  34.67 
 
 		 130 aa  46.2  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1290  hypothetical protein  41.67 
 
 		 80 aa  46.2  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.91858  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  40.91 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 94 aa  45.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 131 aa  45.4  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 104 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  38.18 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 102 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  37.25 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  35.85 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 131 aa  42.7  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  40.43 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1045  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 52 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0669957  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3947  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 85 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  33.93 
 
 		 96 aa  42  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 96 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 229 aa  41.6  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 96 aa  42  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 97 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 95 aa  40.8  0.006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6166  hypothetical protein  44 
 
 		 64 aa  40.8  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 97 aa  40.4  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2731  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 166 aa  40.4  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>