94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0164 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 107 aa  224  3e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  78.5 
 
 		 107 aa  184  3e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  73.58 
 
 		 108 aa  168  2e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  74.51 
 
 		 105 aa  167  5e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  62.62 
 
 		 107 aa  144  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 110 aa  139  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  61.39 
 
 		 105 aa  135  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  58.42 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  55.14 
 
 		 107 aa  125  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 110 aa  121  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  50.47 
 
 		 107 aa  120  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  56.25 
 
 		 113 aa  116  7.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  53.54 
 
 		 101 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  56.25 
 
 		 114 aa  114  3e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  46.23 
 
 		 107 aa  110  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  47.17 
 
 		 107 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  47.17 
 
 		 107 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  46.23 
 
 		 107 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  47.17 
 
 		 107 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  47.17 
 
 		 107 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  46.23 
 
 		 107 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 100 aa  107  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  44.34 
 
 		 107 aa  107  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  47.96 
 
 		 100 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  50.94 
 
 		 107 aa  105  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  44.34 
 
 		 107 aa  102  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  44.33 
 
 		 106 aa  100  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  44.33 
 
 		 106 aa  100  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  44.33 
 
 		 106 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  45.36 
 
 		 106 aa  99.4  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  46.46 
 
 		 106 aa  99.8  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  44.33 
 
 		 106 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  45.36 
 
 		 106 aa  99.4  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  44.33 
 
 		 106 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  44.9 
 
 		 100 aa  99  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 112 aa  95.1  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  41.12 
 
 		 107 aa  94  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 107 aa  92.8  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  40.19 
 
 		 107 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  44.9 
 
 		 101 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  42.86 
 
 		 101 aa  90.5  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  43.88 
 
 		 111 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  44.55 
 
 		 107 aa  89  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  48.24 
 
 		 101 aa  89  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  44.34 
 
 		 100 aa  85.9  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  41.41 
 
 		 100 aa  84  7e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 103 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 100 aa  78.2  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  44.59 
 
 		 75 aa  71.2  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0841  hypothetical protein  56.72 
 
 		 68 aa  63.9  0.0000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0431891  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  41.94 
 
 		 109 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 109 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  41.94 
 
 		 109 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  41.94 
 
 		 109 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0471  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 111 aa  55.1  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 95 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2356  hypothetical protein  60 
 
 		 60 aa  51.2  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 104 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  40.74 
 
 		 104 aa  50.8  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  35.48 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  38.89 
 
 		 104 aa  47.4  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0258  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 109 aa  47.4  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000138252  normal  0.0122449 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0278  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 110 aa  47  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.111983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 95 aa  47  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  38.89 
 
 		 104 aa  47  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1405  hypothetical protein  32.89 
 
 		 130 aa  45.1  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.923263  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3634  hypothetical protein  45 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 95 aa  43.9  0.0007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  28.12 
 
 		 131 aa  43.9  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1290  hypothetical protein  37.29 
 
 		 80 aa  43.9  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.91858  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 161 aa  43.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  44.9 
 
 		 205 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0053  putative DNA-binding protein  40.82 
 
 		 53 aa  42.7  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0227133  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  32.73 
 
 		 102 aa  42  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  32.26 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  35.19 
 
 		 296 aa  41.2  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  27.14 
 
 		 102 aa  40.8  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0567  hypothetical protein  43.24 
 
 		 108 aa  40.8  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 		 131 aa  40.8  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  36.73 
 
 		 119 aa  40.8  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 197 aa  40.8  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  35.71 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  34 
 
 		 94 aa  40.4  0.008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  34 
 
 		 94 aa  40.4  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 102 aa  40.4  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  34 
 
 		 97 aa  40  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>