126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4437 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
119 aa  240  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  49.55 
 
 
127 aa  111  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  42.57 
 
 
106 aa  77.8  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  46.84 
 
 
96 aa  69.3  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  52.46 
 
 
120 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
121 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 
98 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  50.68 
 
 
130 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  45.83 
 
 
102 aa  65.5  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  52.46 
 
 
121 aa  64.3  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  39.18 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  49.23 
 
 
98 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  47.3 
 
 
98 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  42.68 
 
 
131 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  50 
 
 
96 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 
95 aa  62.8  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 
96 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 
96 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 
97 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  35.56 
 
 
104 aa  60.8  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  35.56 
 
 
104 aa  61.2  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 
99 aa  60.8  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 
106 aa  60.1  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 
111 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 
98 aa  59.7  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 
96 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  46.55 
 
 
111 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 
102 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  47.54 
 
 
96 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  36.96 
 
 
94 aa  58.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  45.45 
 
 
89 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  45.9 
 
 
96 aa  57.8  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  53.06 
 
 
201 aa  57.8  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  43.33 
 
 
98 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 
102 aa  57.4  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
96 aa  56.2  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 
98 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  46.55 
 
 
96 aa  56.6  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 
103 aa  55.8  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  33.33 
 
 
104 aa  56.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
95 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
97 aa  55.5  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  43.33 
 
 
95 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  36.67 
 
 
96 aa  53.9  0.0000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
94 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  48.08 
 
 
130 aa  54.3  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  48 
 
 
95 aa  53.9  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
102 aa  53.9  0.0000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 
103 aa  53.9  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  30.49 
 
 
103 aa  53.5  0.0000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 
94 aa  53.5  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  42.37 
 
 
175 aa  53.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  50 
 
 
103 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  41.51 
 
 
94 aa  52.4  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 
96 aa  52  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 
96 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 
102 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 
94 aa  51.6  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 
94 aa  51.6  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
96 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 
95 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
96 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
96 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
96 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 
95 aa  51.2  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
99 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 
94 aa  50.4  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 
96 aa  50.4  0.000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 
107 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 
97 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  39.29 
 
 
106 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  42.59 
 
 
107 aa  48.9  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 
107 aa  48.9  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 
97 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  38.46 
 
 
107 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  38.46 
 
 
107 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  34.38 
 
 
107 aa  48.5  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  38.46 
 
 
107 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  43.64 
 
 
61 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  37.5 
 
 
100 aa  47.8  0.00006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  38.89 
 
 
101 aa  47.4  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  38.46 
 
 
107 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  38.46 
 
 
107 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  39.29 
 
 
106 aa  47  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  39.29 
 
 
106 aa  47  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  39.29 
 
 
106 aa  47  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  39.29 
 
 
106 aa  47  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  39.13 
 
 
53 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  42 
 
 
111 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  39.29 
 
 
106 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  38 
 
 
101 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  39.29 
 
 
106 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  38 
 
 
107 aa  47  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  39.29 
 
 
106 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  38 
 
 
107 aa  47  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  26.25 
 
 
104 aa  45.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4293  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 
239 aa  45.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  42 
 
 
107 aa  45.4  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  41.67 
 
 
100 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  40.43 
 
 
100 aa  44.3  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>