57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4309 on replicon NC_008757
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 95 aa  192  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0471  putative transcriptional regulator  54.26 
 
 		 111 aa  110  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  45.26 
 
 		 107 aa  84  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  41.49 
 
 		 107 aa  71.2  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  41.76 
 
 		 101 aa  68.6  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  40.24 
 
 		 106 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  40.74 
 
 		 106 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  40.74 
 
 		 106 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  39.51 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  40.86 
 
 		 114 aa  65.9  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  39.51 
 
 		 106 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 108 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  39.51 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  39.51 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  40.86 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 107 aa  62  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  38.27 
 
 		 106 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  38.3 
 
 		 100 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  36.17 
 
 		 100 aa  58.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  40 
 
 		 101 aa  58.2  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  41.57 
 
 		 107 aa  57  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  41.57 
 
 		 107 aa  57  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  49.23 
 
 		 107 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  49.23 
 
 		 107 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  42.05 
 
 		 107 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  51.61 
 
 		 107 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  51.61 
 
 		 107 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  50 
 
 		 107 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 105 aa  54.3  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 107 aa  52  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  35.05 
 
 		 107 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  34.83 
 
 		 101 aa  52  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 110 aa  50.4  0.000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 108 aa  50.4  0.000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  38.64 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  33.71 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 111 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  39.74 
 
 		 75 aa  48.9  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  41.49 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  34.67 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 112 aa  47  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 100 aa  46.6  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 105 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  35.56 
 
 		 101 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 104 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  38.6 
 
 		 95 aa  42  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  52.38 
 
 		 147 aa  41.2  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  34.38 
 
 		 102 aa  40.8  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 95 aa  40.8  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  51.28 
 
 		 130 aa  40.4  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>