88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2974 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 100 aa  207  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 110 aa  120  9e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  53.54 
 
 		 107 aa  114  6e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  54.55 
 
 		 107 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 108 aa  108  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  50.51 
 
 		 100 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 107 aa  107  5e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  48.48 
 
 		 100 aa  107  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 105 aa  106  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  51.58 
 
 		 105 aa  105  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  47.47 
 
 		 101 aa  101  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 110 aa  100  5e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  46.88 
 
 		 100 aa  100  9e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  48.39 
 
 		 114 aa  100  9e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  48.48 
 
 		 101 aa  99  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  47.31 
 
 		 113 aa  97.8  5e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  45.83 
 
 		 107 aa  97.4  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  48.39 
 
 		 107 aa  95.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  43 
 
 		 100 aa  95.1  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  44.79 
 
 		 101 aa  94.4  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  48.91 
 
 		 107 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  43.16 
 
 		 107 aa  94  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  48.91 
 
 		 107 aa  94  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 		 108 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  45.65 
 
 		 107 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  43.16 
 
 		 101 aa  89  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  45.65 
 
 		 107 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 107 aa  89  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  45.65 
 
 		 107 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 107 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 107 aa  87.8  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  44.44 
 
 		 107 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  44.57 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  44.57 
 
 		 107 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  36.56 
 
 		 106 aa  83.6  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  36.56 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  35.48 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  38.71 
 
 		 106 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  36.56 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  36.56 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  36.56 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  35.48 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  42.5 
 
 		 107 aa  79.3  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 103 aa  79  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  39.8 
 
 		 107 aa  79  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  50.67 
 
 		 75 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  37 
 
 		 100 aa  70.5  0.000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0471  putative transcriptional regulator  38.83 
 
 		 111 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1290  hypothetical protein  47.54 
 
 		 80 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.91858  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  48.33 
 
 		 111 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  42.59 
 
 		 104 aa  51.2  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  32.97 
 
 		 104 aa  50.4  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0841  hypothetical protein  55.17 
 
 		 68 aa  50.1  0.000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0431891  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  28.7 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1405  hypothetical protein  44.44 
 
 		 130 aa  49.7  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.923263  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  40.74 
 
 		 104 aa  50.1  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  28.7 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  28.7 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  40.74 
 
 		 104 aa  49.3  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 99 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  36.05 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  31.91 
 
 		 102 aa  45.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0053  putative DNA-binding protein  41.46 
 
 		 53 aa  43.9  0.0007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0227133  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  33.93 
 
 		 96 aa  43.9  0.0008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  35.09 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 95 aa  42  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  37.25 
 
 		 97 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  38.89 
 
 		 296 aa  41.6  0.003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 137 aa  41.6  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 197 aa  41.6  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06250  predicted transcriptional regulator  44.44 
 
 		 256 aa  41.2  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3627  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 87 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3770  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 81 aa  40.4  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  34.43 
 
 		 96 aa  40.4  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 94 aa  40.4  0.008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0185  transcriptional regulator, XRE family  42.5 
 
 		 311 aa  40.4  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>