45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1405 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1405  hypothetical protein  100 
 
 		 130 aa  270  5.000000000000001e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.923263  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1290  hypothetical protein  97.22 
 
 		 80 aa  148  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.91858  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1291  hypothetical protein  72.73 
 
 		 122 aa  124  4.0000000000000003e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.816238  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4904  hypothetical protein  60.71 
 
 		 123 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 100 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1686  hypothetical protein  56.14 
 
 		 125 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  49.12 
 
 		 100 aa  67.4  0.00000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4268  hypothetical protein  52.83 
 
 		 123 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0172715  hitchhiker  5.4878e-16 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  50.91 
 
 		 101 aa  60.1  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  49.09 
 
 		 100 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  47.27 
 
 		 101 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 107 aa  53.9  0.0000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 110 aa  51.6  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 105 aa  50.1  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  44.44 
 
 		 101 aa  50.1  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  43.64 
 
 		 100 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 110 aa  47.8  0.00006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 108 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  40 
 
 		 101 aa  47  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  36.36 
 
 		 106 aa  47  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  36.36 
 
 		 106 aa  44.7  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 107 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  32.89 
 
 		 107 aa  45.1  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  36.36 
 
 		 106 aa  44.7  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  40.38 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  36.36 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  36.36 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 100 aa  44.3  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  36.36 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  36.36 
 
 		 106 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  40.38 
 
 		 114 aa  43.9  0.0008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  34.33 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 107 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 107 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  34.33 
 
 		 107 aa  41.6  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  34.33 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 107 aa  40  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>