81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4237 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 103 aa  208  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  50 
 
 		 101 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  40.2 
 
 		 101 aa  90.5  8e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  42.71 
 
 		 107 aa  87  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 110 aa  87  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 105 aa  86.3  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  42.71 
 
 		 107 aa  84.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  42.27 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  39.58 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  39.58 
 
 		 100 aa  80.5  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  43.88 
 
 		 107 aa  79.7  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 113 aa  78.6  0.00000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 100 aa  79  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 108 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 		 105 aa  78.2  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  37.5 
 
 		 114 aa  78.2  0.00000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 107 aa  77.8  0.00000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 100 aa  77  0.00000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  37.5 
 
 		 100 aa  76.6  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  37.11 
 
 		 108 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  41.84 
 
 		 101 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  41.94 
 
 		 100 aa  75.1  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  41.38 
 
 		 100 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  40.23 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 110 aa  73.2  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 107 aa  73.2  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  50.82 
 
 		 107 aa  71.2  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  37.11 
 
 		 107 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  35.92 
 
 		 106 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 		 107 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  37.11 
 
 		 107 aa  70.1  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  37.11 
 
 		 107 aa  70.1  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  37.11 
 
 		 107 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  37.11 
 
 		 107 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0471  putative transcriptional regulator  42.57 
 
 		 111 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  38.14 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  34.41 
 
 		 106 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  38.71 
 
 		 107 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  38.14 
 
 		 107 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  44.74 
 
 		 75 aa  68.2  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  34.41 
 
 		 106 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  34.41 
 
 		 106 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  50.77 
 
 		 109 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 109 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  50.77 
 
 		 109 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  50.77 
 
 		 109 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  33.33 
 
 		 106 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  33.33 
 
 		 106 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  33.33 
 
 		 106 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  33.33 
 
 		 106 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 112 aa  64.3  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  39.36 
 
 		 107 aa  63.9  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  34.02 
 
 		 107 aa  63.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  37.08 
 
 		 111 aa  61.2  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  35.56 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  34.55 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  34.55 
 
 		 104 aa  48.1  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  35.19 
 
 		 104 aa  47.8  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 97 aa  46.2  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  34.78 
 
 		 102 aa  45.4  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 96 aa  45.4  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 121 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 104 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0567  hypothetical protein  50 
 
 		 108 aa  45.1  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  31.94 
 
 		 104 aa  44.7  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  40.43 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1290  hypothetical protein  37.29 
 
 		 80 aa  42  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.91858  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1405  hypothetical protein  37.5 
 
 		 130 aa  41.6  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.923263  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 133 aa  40.8  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  34 
 
 		 97 aa  40.8  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 102 aa  40.4  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 102 aa  40.4  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 268 aa  40.4  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  34 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  36.73 
 
 		 121 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>