70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3428 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_3428  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 112 aa  224  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117512 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4182  transcriptional regulator  63.46 
 
 		 111 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  45.05 
 
 		 107 aa  95.1  3e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0156  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 110 aa  87  7e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.551998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  45.13 
 
 		 108 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2181  transcriptional regulator, XRE family  39.64 
 
 		 107 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.852917  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 107 aa  78.2  0.00000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  42.34 
 
 		 105 aa  76.6  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  41.05 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2087  XRE family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 110 aa  75.1  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 105 aa  75.1  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 107 aa  74.7  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 108 aa  74.3  0.0000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  46.91 
 
 		 101 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2546  transcriptional regulator, XRE family  38.39 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 107 aa  68.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  37.84 
 
 		 107 aa  67.8  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  38.64 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  37.5 
 
 		 107 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 107 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 107 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 107 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 103 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 107 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  37.5 
 
 		 107 aa  63.5  0.0000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7082  transcriptional regulator, XRE family  34.23 
 
 		 107 aa  63.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  36.61 
 
 		 107 aa  62.4  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1497  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 107 aa  62  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.243266 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  32.69 
 
 		 101 aa  61.2  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  31.73 
 
 		 101 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  34.23 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  39.77 
 
 		 100 aa  57.8  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 100 aa  57.8  0.00000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0893  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  34.34 
 
 		 109 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.641947  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0986  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  34.34 
 
 		 109 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.45543 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2809  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 109 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0860  DNA-binding protein  34.34 
 
 		 109 aa  57.4  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  36.54 
 
 		 114 aa  57  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  36.54 
 
 		 113 aa  57  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  33.33 
 
 		 107 aa  57  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  47.54 
 
 		 75 aa  53.5  0.0000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  34.78 
 
 		 100 aa  51.6  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  30.1 
 
 		 100 aa  51.2  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  28.83 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  28.83 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  28.83 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  28.83 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  28.83 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  28.83 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2974  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 100 aa  48.9  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  28.83 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0638  transcriptional regulator, XRE family  26.21 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606399  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  35 
 
 		 104 aa  47  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4309  putative transcriptional regulator  47.17 
 
 		 95 aa  47  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00238443  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  37.5 
 
 		 102 aa  46.6  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  30 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 199 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 199 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 199 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  41.82 
 
 		 199 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  29.41 
 
 		 104 aa  41.6  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  41.82 
 
 		 199 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0845  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 131 aa  41.2  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 140 aa  40.4  0.009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 94 aa  40  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0471  putative transcriptional regulator  36.51 
 
 		 111 aa  40  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>