88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3684 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  100 
 
 		 98 aa  201  3e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  46.81 
 
 		 94 aa  76.3  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  42.7 
 
 		 102 aa  70.1  0.000000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 94 aa  69.7  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 94 aa  68.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  39.56 
 
 		 94 aa  67.8  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  41.57 
 
 		 96 aa  67.4  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  43.48 
 
 		 95 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  44.32 
 
 		 95 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  42.39 
 
 		 95 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  37.23 
 
 		 97 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  37.23 
 
 		 97 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0161  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 99 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3844  putative transcriptional regulator  38.3 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0157  transcriptional regulator, XRE family  40.45 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3863  putative transcriptional regulator  38.3 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3972  putative transcriptional regulator  38.3 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.881771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3928  putative transcriptional regulator  38.3 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.934007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3756  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4051  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3876  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03405  predicted transcriptional regulator  40.45 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4032  putative transcriptional regulator  38.3 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.991557  normal  0.577181 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03356  hypothetical protein  40.45 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4931  putative transcriptional regulator  40.45 
 
 		 96 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.724146 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3971  putative transcriptional regulator  39.33 
 
 		 96 aa  62  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  38.37 
 
 		 95 aa  61.2  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 97 aa  60.5  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 95 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  37.08 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  39.02 
 
 		 102 aa  57.4  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  35.96 
 
 		 97 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  35.96 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  35.96 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  34.83 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  38.55 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 98 aa  54.7  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 147 aa  55.1  0.0000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0164  putative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 92 aa  54.3  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  35.96 
 
 		 96 aa  52.8  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 96 aa  52.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  38.27 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 102 aa  50.4  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  28.92 
 
 		 103 aa  47.8  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  39.66 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 103 aa  47.4  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4444  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 109 aa  47  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  34.88 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  30.3 
 
 		 95 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 102 aa  46.2  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  33.72 
 
 		 98 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  35.38 
 
 		 103 aa  45.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  38.98 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  38.98 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 105 aa  45.1  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 103 aa  44.3  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 96 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 130 aa  43.9  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  33.72 
 
 		 119 aa  43.5  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  32.97 
 
 		 89 aa  43.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  31.34 
 
 		 121 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1811  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 108 aa  42.4  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6166  hypothetical protein  42.31 
 
 		 64 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  30.69 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  33.77 
 
 		 107 aa  42  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  32.93 
 
 		 201 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  50 
 
 		 114 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  32.14 
 
 		 111 aa  41.2  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  29.67 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  30.43 
 
 		 95 aa  40.4  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0164  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 107 aa  40.8  0.007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.862423  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4414  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 99 aa  40.4  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.514306 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 133 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>