125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3572 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 121 aa  239  7e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  69.16 
 
 		 130 aa  139  9.999999999999999e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  75.76 
 
 		 96 aa  139  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  66.09 
 
 		 121 aa  138  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  73.27 
 
 		 131 aa  137  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 133 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  54.24 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  55.93 
 
 		 96 aa  71.2  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  54.24 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 98 aa  69.3  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  46.27 
 
 		 96 aa  68.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  51.67 
 
 		 96 aa  68.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 95 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 98 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 119 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 95 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  52.46 
 
 		 95 aa  67.8  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 106 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  45.57 
 
 		 96 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 99 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  44.05 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 96 aa  63.5  0.0000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  48.44 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  49.15 
 
 		 94 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  49.15 
 
 		 94 aa  62.8  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 98 aa  61.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  50 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  43.24 
 
 		 111 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  50 
 
 		 103 aa  60.5  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  43.24 
 
 		 111 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 94 aa  60.5  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 		 95 aa  60.5  0.000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  36.78 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 102 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 97 aa  59.3  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  46.38 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 106 aa  58.2  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 103 aa  57  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 102 aa  57  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 103 aa  56.6  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  44.93 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 97 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  46.67 
 
 		 95 aa  55.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  46.55 
 
 		 61 aa  55.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  48.08 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 97 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  50.98 
 
 		 97 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 98 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  46 
 
 		 89 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  42.42 
 
 		 102 aa  53.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 95 aa  53.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 98 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  38.55 
 
 		 147 aa  52.8  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3174  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 92 aa  50.4  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.024202  normal  0.0514125 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  45.28 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  45.59 
 
 		 98 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  43.33 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 120 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 100 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  42.55 
 
 		 101 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3788  hypothetical protein  42.37 
 
 		 68 aa  48.5  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.839314  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  42.62 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  41.27 
 
 		 175 aa  47.4  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4293  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 239 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 95 aa  46.2  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2219  helix-turn-helix domain-containing protein  38.96 
 
 		 146 aa  45.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  30.49 
 
 		 114 aa  45.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  30.49 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 101 aa  45.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  39.68 
 
 		 75 aa  44.7  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  39.71 
 
 		 436 aa  44.7  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  48.28 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 94 aa  44.3  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3774  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0502189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  34.38 
 
 		 231 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 101 aa  43.9  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5367  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 119 aa  43.9  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.216549 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  40.91 
 
 		 53 aa  43.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1457  hypothetical protein  38.57 
 
 		 88 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.118068 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  31.34 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  29.11 
 
 		 105 aa  42.7  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>