136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3446 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 94 aa  190  7e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  72.34 
 
 		 94 aa  142  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  72.34 
 
 		 94 aa  142  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  69.15 
 
 		 94 aa  141  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  66.32 
 
 		 95 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  65.26 
 
 		 95 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  65.26 
 
 		 95 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0185  transcriptional regulator  55 
 
 		 84 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.159046  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  43.53 
 
 		 96 aa  72.4  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  42.17 
 
 		 102 aa  72  0.000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  40.66 
 
 		 98 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  40.48 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  40.48 
 
 		 95 aa  66.2  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  38.04 
 
 		 94 aa  65.5  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  38.04 
 
 		 94 aa  65.5  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 99 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 97 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  35.48 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 97 aa  60.5  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  36.59 
 
 		 95 aa  59.7  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 102 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 94 aa  58.2  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  37.5 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  37.18 
 
 		 95 aa  57.4  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 95 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  37.78 
 
 		 97 aa  57  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 103 aa  56.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  37.78 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  40.24 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 98 aa  55.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 103 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 95 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4940  hypothetical protein  65.79 
 
 		 55 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.723559 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3607  conserved hypothetical protein  65.79 
 
 		 55 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 102 aa  52  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3694  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.516749  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 102 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3209  XRE family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 104 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.933361  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  42.42 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  49.15 
 
 		 201 aa  51.2  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  28.92 
 
 		 96 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 119 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0161  putative transcriptional regulator  30.68 
 
 		 96 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5905  hypothetical protein  63.16 
 
 		 55 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 130 aa  50.4  0.000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03405  predicted transcriptional regulator  30.68 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0157  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 94 aa  50.1  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3756  putative transcriptional regulator  30.68 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4051  putative transcriptional regulator  30.68 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3876  putative transcriptional regulator  30.68 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  31.71 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3971  putative transcriptional regulator  30.68 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4931  putative transcriptional regulator  30.68 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.724146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03356  hypothetical protein  30.68 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  39.13 
 
 		 89 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4174  DNA-binding protein  41.18 
 
 		 107 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4004  DNA-binding protein  41.18 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4109  DNA-binding protein  41.18 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3986  DNA-binding protein  41.18 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4058  DNA-binding protein  41.18 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.326996  normal  0.47831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  34.48 
 
 		 106 aa  47.8  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 121 aa  47.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  29.9 
 
 		 104 aa  47  0.00008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  39.62 
 
 		 100 aa  47  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  39.22 
 
 		 107 aa  47  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  39.22 
 
 		 107 aa  47  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  37.31 
 
 		 131 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  30.93 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 75 aa  46.2  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  37.74 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 107 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  42.59 
 
 		 107 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 147 aa  45.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 133 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  39.29 
 
 		 96 aa  45.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  30 
 
 		 104 aa  44.7  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4626  hypothetical protein  65.62 
 
 		 49 aa  44.7  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 96 aa  44.7  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  39.68 
 
 		 96 aa  44.3  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4938  hypothetical protein  65.62 
 
 		 49 aa  44.3  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  40.43 
 
 		 106 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 101 aa  43.9  0.0007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>