100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3074 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  100 
 
 		 131 aa  257  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  71.11 
 
 		 133 aa  154  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  75.49 
 
 		 130 aa  147  7e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  76.29 
 
 		 96 aa  141  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  67.83 
 
 		 121 aa  140  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  73.27 
 
 		 121 aa  137  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 106 aa  66.6  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 95 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 96 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  48.33 
 
 		 96 aa  64.7  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  48.28 
 
 		 96 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 106 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  51.67 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 95 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  42.68 
 
 		 119 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  48.28 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  50 
 
 		 95 aa  61.6  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 95 aa  60.8  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 99 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  46.77 
 
 		 96 aa  60.1  0.000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  46.27 
 
 		 111 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 97 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  46.27 
 
 		 111 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  45.76 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 94 aa  55.5  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 97 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  47.46 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  41.38 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  48.33 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 103 aa  54.3  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  39.08 
 
 		 95 aa  53.9  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  47.46 
 
 		 96 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 96 aa  53.1  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 103 aa  53.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  40.45 
 
 		 130 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  46.15 
 
 		 201 aa  52.8  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  44.83 
 
 		 102 aa  52.8  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  39.24 
 
 		 127 aa  52  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  45.1 
 
 		 103 aa  50.8  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 97 aa  50.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 96 aa  50.1  0.000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  46 
 
 		 89 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  45.76 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 102 aa  48.9  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  44.23 
 
 		 95 aa  48.9  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  42.59 
 
 		 94 aa  48.9  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  38.96 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 98 aa  48.1  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 103 aa  48.1  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  44.23 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 95 aa  47.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  41.07 
 
 		 175 aa  47.8  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  40.43 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  47.46 
 
 		 98 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 94 aa  47.8  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  38.78 
 
 		 101 aa  47  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 100 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  40.38 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1818  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000178339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3788  hypothetical protein  41.67 
 
 		 68 aa  45.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.839314  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 100 aa  45.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  37.14 
 
 		 107 aa  45.1  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 		 94 aa  44.7  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4293  transcriptional regulator, XRE family  48.94 
 
 		 239 aa  44.3  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 75 aa  43.5  0.0009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4237  XRE family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 103 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00492028 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  29.81 
 
 		 107 aa  42.7  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  28.04 
 
 		 104 aa  42.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  40.85 
 
 		 98 aa  42.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1536  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 105 aa  41.6  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.793365 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  29.03 
 
 		 104 aa  42  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  40.43 
 
 		 107 aa  42  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  42.22 
 
 		 53 aa  42  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3174  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 92 aa  41.6  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.024202  normal  0.0514125 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  41.67 
 
 		 101 aa  41.2  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5367  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.216549 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1457  hypothetical protein  39.47 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.118068 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 183 aa  40.8  0.006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  35.29 
 
 		 104 aa  40.8  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  38.3 
 
 		 101 aa  40.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1845  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 105 aa  40.4  0.008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>