83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0485 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 97 aa  194  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 94 aa  82.4  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  46.24 
 
 		 102 aa  75.1  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 95 aa  72.8  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  43.62 
 
 		 94 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  43.62 
 
 		 94 aa  71.6  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  40 
 
 		 96 aa  64.3  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  41.05 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  44.32 
 
 		 97 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 		 96 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 98 aa  61.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  31.18 
 
 		 95 aa  60.1  0.000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  40 
 
 		 94 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  35.79 
 
 		 95 aa  58.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  36.84 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  34.34 
 
 		 102 aa  57.8  0.00000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 97 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 99 aa  57  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  34.02 
 
 		 96 aa  57  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  36.84 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  49.15 
 
 		 121 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 98 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  33.33 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 95 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  38.95 
 
 		 98 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  36.84 
 
 		 98 aa  52  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 102 aa  52.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  32.61 
 
 		 96 aa  52  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 		 201 aa  51.6  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  45.76 
 
 		 131 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  34.09 
 
 		 96 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  34.09 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  31.11 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 103 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  41.18 
 
 		 101 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 130 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  33.7 
 
 		 89 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 103 aa  47.8  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 94 aa  47  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2941  putative DNA-binding protein  34.78 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.73394  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 95 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  40.35 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  31.11 
 
 		 103 aa  45.4  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  43.1 
 
 		 127 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  45.65 
 
 		 130 aa  44.3  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  36.73 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 147 aa  43.9  0.0008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  30.61 
 
 		 104 aa  43.5  0.0009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1840  transcriptional regulator, XRE family  32.69 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 100 aa  42  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 119 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 106 aa  40.8  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  39.06 
 
 		 100 aa  40.8  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3004  transcriptional regulator-like protein  36.96 
 
 		 106 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2978  transcriptional regulator-like protein  36.96 
 
 		 106 aa  40.4  0.007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2370  transcriptional regulator-like  36.96 
 
 		 106 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2984  transcriptional regulator-like protein  36.96 
 
 		 106 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6333  transcriptional regulator-like  36.96 
 
 		 106 aa  40.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2894  transcriptional regulator-like protein  36.96 
 
 		 106 aa  40.4  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3031  transcriptional regulator-like protein  36.96 
 
 		 106 aa  40.4  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5091  putative DNA-binding protein  31.48 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0262962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4027  putative DNA-binding protein  31.48 
 
 		 107 aa  40.4  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.678777 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1619  hypothetical protein  27.78 
 
 		 100 aa  40.4  0.009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  36.84 
 
 		 95 aa  40  0.01  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>