128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1198 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  100 
 
 		 98 aa  200  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  93.68 
 
 		 95 aa  184  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  80.22 
 
 		 95 aa  151  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  72.45 
 
 		 99 aa  149  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  73.68 
 
 		 97 aa  144  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  70.53 
 
 		 96 aa  141  4e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  65.96 
 
 		 96 aa  134  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  64.89 
 
 		 96 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  66.32 
 
 		 96 aa  134  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  64.89 
 
 		 96 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  64.89 
 
 		 96 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  64.89 
 
 		 96 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  46.81 
 
 		 96 aa  87  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  39.36 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  48.35 
 
 		 97 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  48.35 
 
 		 97 aa  77.4  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 96 aa  74.7  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 96 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  39.36 
 
 		 96 aa  72  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  53.33 
 
 		 121 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  35.87 
 
 		 95 aa  68.2  0.00000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 95 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 121 aa  66.2  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 96 aa  66.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  54.24 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  54.24 
 
 		 111 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  54.24 
 
 		 111 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  35.11 
 
 		 97 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 99 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 94 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 98 aa  62  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 106 aa  62  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 		 94 aa  60.8  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  37 
 
 		 102 aa  60.1  0.000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3850  virulence gene repressor RsaL  36.78 
 
 		 95 aa  59.7  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  38.89 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  39.53 
 
 		 102 aa  59.3  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  50.88 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 120 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0139  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.554857  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  55.77 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  48.33 
 
 		 98 aa  57.8  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 119 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  38.89 
 
 		 96 aa  57  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1676  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 94 aa  57  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  51.85 
 
 		 107 aa  57  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0068  hypothetical protein  35.87 
 
 		 95 aa  56.6  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 103 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1541  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0274839  hitchhiker  0.00170157 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3446  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 94 aa  55.5  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  38.89 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1993  putative transcriptional regulator  34.41 
 
 		 95 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.964358 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  38.04 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04240  Transcriptional regulator with Fis-type helix-turn-helix motif  39.77 
 
 		 94 aa  55.5  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 106 aa  54.7  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1912  helix-turn-helix domain-containing protein  34.94 
 
 		 94 aa  54.7  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  52 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  37.63 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0182  putative transcriptional regulator  35.87 
 
 		 95 aa  54.3  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0794  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.139439 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  46.55 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1246  transcriptional regulator-like protein  38.89 
 
 		 101 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  38.04 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31050  DNA-binding protein  45.61 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3174  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 92 aa  52.8  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.024202  normal  0.0514125 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0921  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 75 aa  51.6  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.451921  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 98 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0306  hypothetical protein  54.55 
 
 		 53 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000425505  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0024  DNA-binding protein  35.8 
 
 		 113 aa  51.2  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.31955  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0763  Cro/CI family transcriptional regulator-related protein  37.25 
 
 		 101 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3788  hypothetical protein  40.26 
 
 		 68 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.839314  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0056  putative DNA-binding protein  35.8 
 
 		 114 aa  49.3  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000362045  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  39.33 
 
 		 98 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0125  hypothetical protein  38.1 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2627  transcriptional regulator  39.71 
 
 		 100 aa  48.9  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0561718 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5658  XRE family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4706  helix-turn-helix domain-containing protein  34.78 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  34.02 
 
 		 103 aa  47.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48830  hypothetical protein  34.85 
 
 		 104 aa  47.4  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5549  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 232 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.361846  hitchhiker  0.00439273 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4312  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 108 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0881286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0803  hypothetical protein  35 
 
 		 104 aa  47  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1413  virulence gene repressor RsaL  34.43 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3644  DNA-binding protein  32.91 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160248 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0850  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 100 aa  45.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.07607  normal  0.76733 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1645  putative DNA-binding protein, putative phage gene  35 
 
 		 104 aa  46.2  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1361  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 147 aa  45.8  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00209269  hitchhiker  6.37946e-19 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1232  transcriptional regulator protein  38.16 
 
 		 100 aa  45.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1782  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.244304 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1503  putative DNA-binding protein  32.79 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  32.2 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2677  helix-turn-helix domain-containing protein  33.82 
 
 		 107 aa  44.3  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110858  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>