68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1851 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_1851  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 98 aa  193  7e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367086  normal  0.712374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1572  helix-turn-helix domain-containing protein  97.96 
 
 		 98 aa  190  5e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.328104  normal  0.0948744 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1667  helix-turn-helix domain protein  85.71 
 
 		 98 aa  168  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.130634  normal  0.758617 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2028  transcriptional regulator, XRE family  49.47 
 
 		 96 aa  88.2  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0786  putative DNA-binding protein  47.37 
 
 		 96 aa  82  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1904  putative DNA-binding protein  45.26 
 
 		 96 aa  80.5  0.000000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.652825  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3537  transcriptional regulator, XRE family  51.16 
 
 		 97 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3065  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 98 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2477  XRE family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 106 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.229914  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2202  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 98 aa  75.5  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.119587 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4125  XRE family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 96 aa  75.5  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1282  putative DNA-binding protein  41.05 
 
 		 96 aa  73.9  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0928  hypothetical protein  56.45 
 
 		 127 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.729389  normal  0.315243 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1765  transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 		 111 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.21352  normal  0.204595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1487  helix-turn-helix domain-containing protein  51.56 
 
 		 111 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4437  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 119 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.672925  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0653  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 99 aa  65.5  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245182  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0304  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 96 aa  65.1  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.397119  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  41.05 
 
 		 94 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.0000318206  hitchhiker  0.000000295064 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0468  helix-turn-helix domain-containing protein  41.05 
 
 		 94 aa  62.8  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5139  transcriptional regulator, XRE family  41.11 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576626  normal  0.0207575 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7348  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 120 aa  59.3  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159778  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5216  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 97 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1953  helix-turn-helix domain-containing protein  38.54 
 
 		 102 aa  59.3  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3172  XRE family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00100844 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2738  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 95 aa  58.2  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1115  DNA-binding protein, putative  35.96 
 
 		 102 aa  57  0.00000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1457  hypothetical protein  47.46 
 
 		 88 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.118068 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0269  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 99 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.506568  normal  0.270247 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2230  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.23704 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0485  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 97 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3572  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 121 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.405573  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31960  transcriptional regulator protein  36.73 
 
 		 95 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1506  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 106 aa  53.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.735616  normal  0.160374 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0605  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 		 96 aa  52.8  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.959695  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1198  Cro/CI family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4938  XRE family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 95 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0484665  hitchhiker  0.0000000184601 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3174  XRE family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 92 aa  52  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.024202  normal  0.0514125 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4790  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1400  hypothetical protein  44.07 
 
 		 61 aa  50.8  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.193921 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3788  hypothetical protein  47.46 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.839314  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2833  hypothetical protein  39.73 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2433  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.40389  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2941  putative DNA-binding protein  39.8 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.73394  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1042  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 102 aa  48.9  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.729396 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1709  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.105629  normal  0.300515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3074  helix-turn-helix type 3  47.62 
 
 		 131 aa  48.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.620865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3581  hypothetical protein  40.68 
 
 		 175 aa  47.8  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0426544  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1852  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 97 aa  47.4  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00565598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  38.89 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.179939  normal  0.801246 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4313  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4359  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4246  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4268  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 96 aa  46.2  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4424  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3684  hypothetical protein  34.88 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564903 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1708  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4415  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  39.34 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0720  hypothetical protein  45.1 
 
 		 89 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.719881  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0975  transcriptional regulator, XRE family  26.8 
 
 		 95 aa  44.7  0.0005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2380  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 133 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.740526  normal  0.410839 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0283  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 102 aa  44.3  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3898  helix-turn-helix domain-containing protein  32.22 
 
 		 96 aa  44.3  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0317  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 103 aa  43.9  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0550269 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1020  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 103 aa  43.5  0.0009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0786  helix-turn-helix domain-containing protein  31.18 
 
 		 103 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3602  helix-turn-helix domain-containing protein  43.14 
 
 		 130 aa  41.6  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  38.89 
 
 		 201 aa  42  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.425253  normal  0.20556 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>